在司法鉴定中，针对固定总价合同中未施工项目的处理，核心原则是依据合同约定、实际履行情况及法律规定，通过协商、鉴定或诉讼等方式确定未施工项目的价款扣除或调整。以下是具体分析：

1. 合同约定优先
   固定总价合同的核心是“总价包干”，即合同价款不因工程量增减而调整（除非合同明确约定例外情形）。若合同中已明确约定未施工项目的处理方式（如按比例扣除、固定单价调整等），应优先按合同执行。
   例如：合同约定“未施工项目按预算单价扣除”，则鉴定时直接按约定单价计算未施工部分价款。

2. 合同无约定时的处理
   若合同未明确约定，需结合以下因素综合判断：

   • 实际履行情况：通过施工记录、监理日志、变更签证等证据，确定未施工项目的范围及责任归属（如是否因发包人设计变更、承包人施工能力不足等导致）。
     
   • 司法鉴定程序：委托专业鉴定机构对未施工项目的工程量、单价进行评估，结合市场价或合同内类似项目单价确定扣除金额。
     
   • 公平原则：若未施工系因发包人原因导致（如设计变更、暂停施工），承包人可能主张扣除成本后保留合理利润；若因承包人违约，则可能仅扣除直接成本。

3. 法律适用与风险防范

   • 《民法典》第510条：合同生效后，当事人就质量、价款等约定不明确且无法达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。
     
   • 《建设工程司法解释（一）》第19条：当事人对工程量有争议的，按施工过程中形成的签证等书面文件确认；无签证的，可结合其他证据认定。
     
   • 风险点：承包人需保留未施工项目的证据（如停工通知、沟通记录），避免因举证不能被全额扣款；发包人需及时确认变更内容，防止承包人以“未施工”为由主张额外费用。

建议：若双方对未施工项目处理存在争议，可先协商补充协议；协商不成时，及时委托司法鉴定并固定证据，必要时通过诉讼或仲裁解决。如有具体合同条款或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供针对性方案。