若涤除法定代表人登记判决已生效，但公司不配合，您可以采取以下措施来维护自身权益：
申请强制执行：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当判决、裁定等法律文书生效后，若义务人（在此为公司）不履行义务，权利人（即您，作为涤除法定代表人的请求方）有权向人民法院申请强制执行。
- 操作流程：您需准备强制执行申请书、生效的判决书或裁定书、身份证明等相关材料，向有管辖权的人民法院（通常为第一审人民法院或者与其同级的被执行的财产所在地人民法院）提交申请。
- 执行内容：法院在受理申请后，会依法对公司进行强制执行，包括但不限于要求公司配合办理法定代表人变更登记手续。
向市场监管部门投诉或举报：
- 投诉理由：公司不配合办理法定代表人变更登记，可能违反了市场监管部门关于公司登记管理的相关规定。
- 操作流程：您可以向公司所在地的市场监管部门（如工商行政管理局）提交投诉或举报材料，说明公司不配合办理变更登记的情况，并附上相关证据（如判决书、执行申请书等）。
- 处理结果：市场监管部门在收到投诉或举报后，会依法进行调查处理，并可能对公司进行行政处罚，同时督促公司配合办理变更登记。
考虑对公司提起损害赔偿诉讼：
- 诉讼理由：若公司的不配合行为给您造成了经济损失（如因无法及时变更法定代表人而导致的法律责任、信誉损失等），您可以考虑对公司提起损害赔偿诉讼。
- 操作流程：您需准备起诉状、相关证据材料（如判决书、经济损失证明等），向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 诉讼结果：若法院认定公司的不配合行为构成侵权，您可能获得相应的经济赔偿。
寻求其他法律途径：
- 如申请公司破产清算（在符合破产条件的情况下）：若公司长期不配合且存在其他破产原因，您可以考虑向法院申请公司破产清算，通过破产程序来强制变更法定代表人或处理相关事宜。但此途径较为极端，需谨慎考虑。
- 利用公司内部治理机制：若您仍为公司股东或董事等，可以尝试通过公司内部治理机制（如股东会、董事会决议等）来推动法定代表人变更事宜。但此途径可能受到公司内部权力结构、章程规定等因素的限制。
在采取上述措施时，您需注意以下几点：
- 保留证据：确保您保留了所有与涤除法定代表人登记相关的证据材料，包括判决书、执行申请书、投诉或举报材料等。
- 及时行动：一旦发现公司不配合，应尽快采取法律措施，以免延误时机或造成不必要的损失。
- 咨询专业律师：虽然我已为您提供了一些法律建议，但具体操作时仍建议咨询专业律师，以确保您的权益得到充分保障。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。