当您的车抵贷因逾期导致车辆被贷款机构开走，但您已经还清了逾期金额，想要协商拿回车辆，可以按照以下详细步骤进行：
一、明确情况与法律依据
首先，您需要明确车辆被开走的具体原因，这通常是因为您未按照贷款合同约定按时还款，构成了违约。贷款机构为了降低风险，依据合同中的相关条款，有权收回抵押物，即您的车辆。这一行为在《中华人民共和国民法典》等相关法律法规中有明确规定，即在借款合同中约定了抵押权的情况下，若债务人不履行到期债务，抵押权人有权就该财产优先受偿。
二、立即与贷款机构沟通协商
主动联系：您应第一时间与贷款机构取得联系，诚恳地说明自己逾期未还款的具体原因，比如是因为突发重大疾病、意外事故等不可抗力因素导致的经济困难。同时，表达您积极解决问题的意愿和态度。
提出解决方案：根据您的实际情况，向贷款机构提出可行的还款计划或解决方案。例如，您可以申请延长还款期限，以减轻每月的还款压力；或者协商分期偿还剩余的欠款（如果有的话），将逾期的本金、利息及其他费用分成若干期进行偿还。但在此情况下，您已还清逾期金额，主要应强调您已履行还款义务，并请求贷款机构归还车辆。
三、确认并处理相关费用（如有）
尽管您已还清逾期金额，但仍需与贷款机构确认是否还有其他相关费用需要支付，如车辆保管费、拖车费等。如果有，您应尽快筹集资金支付这些费用，以避免进一步的纠纷。
四、办理解除抵押与取车手续
提供还款证明：在确认所有费用已结清后，要求贷款机构出具正式的还款证明和相关文件，以证明您已经履行了还款义务。
解除抵押登记：携带还款证明、车辆登记证书、身份证等相关材料，前往当地车管所办理车辆解除抵押登记手续。这是非常重要的步骤，因为只有完成了解除抵押登记，车辆的所有权才真正完全归属于您。
取回车辆：在完成上述手续后，与贷款机构协商取回车辆的时间和地点。在取回车辆时，请仔细检查车辆的状况，确保车辆在扣押期间没有受到损坏。如发现车辆有损坏情况，应立即与贷款机构协商解决赔偿问题。
五、寻求法律途径（如有必要）
如果您认为贷款机构在处理车辆收回过程中存在违法行为，如未经合法程序擅自拖走车辆、对车辆造成不合理损坏等，且无法通过协商解决，您可以考虑寻求法律途径来维护自己的合法权益。这包括收集相关证据、咨询专业律师，并在必要时向人民法院提起诉讼。
希望以上步骤能够帮助您顺利拿回车辆。在处理此类问题时，请保持冷静和理性，通过合法途径来解决问题。