针对您提出的“工伤治疗结束后，医院建议转院治疗，但公司不同意怎么办”这一问题，我的结论是：您有权要求公司配合转院治疗，若公司拒绝，您可以通过法律途径维护自身权益。 以下从多个角度为您详细分析：
一、法律依据与权利基础
根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤职工因日常生活或者就业需要，经劳动能力鉴定委员会确认，可以安装假肢、矫形器、假眼、假牙和配置轮椅等辅助器具，所需费用按照国家规定的标准从工伤保险基金支付。虽然该条款未直接提及转院治疗，但工伤职工的治疗应当遵循医疗机构的合理建议，以确保工伤职工得到及时、有效的治疗。若医院基于专业判断认为转院治疗对您的康复更为有利，那么您有权要求公司配合转院。
二、公司拒绝转院的法律后果
公司可能承担的法律责任：
- 如果公司拒绝转院导致您的伤情恶化或康复受阻，公司可能因未尽到合理照顾义务而承担相应的法律责任。
- 在极端情况下，如果因公司拒绝转院导致您遭受严重损害，公司甚至可能面临民事赔偿或行政处罚。
您的权利救济途径：
- 与用人单位协商：首先，您可以尝试与公司进行沟通，说明转院治疗的必要性和紧迫性，争取公司的理解和配合。
- 向劳动行政部门投诉：如果协商无果，您可以向当地的劳动行政部门（如劳动监察大队）投诉，请求其介入调查并协调解决。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：若上述途径均未能解决问题，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
三、实际操作建议
收集证据：
- 保留医院出具的转院建议书、诊断证明、病历等医疗文件，作为证明转院治疗必要性的证据。
- 如果可能，获取其他医疗专家的意见或建议，以增强您的说服力。
与公司沟通：
- 在沟通时，保持冷静和理性，明确表达您的诉求和理由。
- 强调转院治疗对您的康复和未来工作能力的重要性，争取公司的理解和支持。
寻求法律援助：
- 如果您对法律程序不熟悉或感到无助，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自身权益。
四、特殊情况考虑
- 如果公司提出合理的反对理由：例如，公司认为当前医院的治疗方案已经足够有效，或者转院治疗可能带来不必要的风险或费用增加。在这种情况下，您需要与公司进行更深入的沟通，共同评估转院治疗的必要性和可行性。
- 如果涉及跨地区转院：还需要考虑医保报销、交通住宿等实际问题。您可以与公司协商解决这些问题，或者寻求相关部门的帮助和支持。
最后，我建议您在处理此类问题时保持冷静和理性，通过合法途径维护自身权益。 如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。