药房工作实行“干一天休一天”的制度是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 标准工时制度下的合法性：

   • 根据《劳动法》及相关规定，标准工时制度下，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若药房实行的“干一天休一天”制度，导致劳动者每日工作时间超过法定标准，且未获得相应的加班工资或调休，则该制度不合法。
   • 例如，如果劳动者在“干一天”时工作了12小时，且没有获得加班工资或调休，那么这种工作安排就违反了劳动法关于工作时间的规定。

2. 不定时工作制或综合计算工时工作制下的合法性：

   • 根据《青岛市人力资源和社会保障局特殊工时审批管理办法》（虽为地方性规定，但体现了不定时工作制和综合计算工时工作制的一般原则）及相关法律法规，某些特定岗位或行业可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
   • 如果药房能够证明其工作性质特殊，如需要24小时营业，且已依法申请并获得了不定时工作制或综合计算工时工作制的审批，那么“干一天休一天”的制度可能是合法的。但在此情况下，药房仍需确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，并依法支付加班工资或安排调休。

3. 劳动合同和规章制度中的约定：

   • 药房与劳动者在劳动合同中明确约定了“干一天休一天”的工作制度，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该制度在合同范围内是合法的。
   • 同时，药房的规章制度中若对此有明确规定，且已向劳动者公示或告知，那么该制度在规章制度范围内也是合法的。但同样，药房需确保劳动者的权益不受侵害，如依法支付加班工资、提供必要的休息条件等。

建议：

• 对于药房而言，如果希望实行“干一天休一天”的制度，应首先评估其合法性，确保符合法律法规的规定。如果可能涉及不定时工作制或综合计算工时工作制，应依法申请审批。
• 对于劳动者而言，如果药房实行了“干一天休一天”的制度，且认为自己的权益受到了侵害，如工作时间过长、未获得加班工资等，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

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