三方协议补充协议中约定的违约金，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从多个角度为你详细分析：
违约金有效的条件
协议整体有效：
- 三方协议及其补充协议要有效，首先需满足一般合同的有效条件。这包括行为人具有相应的民事行为能力（如毕业生需年满18周岁且精神健康状况正常，或虽不满18周岁但以自己的劳动收入为主要生活来源；用人单位应是依法成立、具有相应用人资质和行为能力的组织）、意思表示真实（不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形）以及不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 例如，如果补充协议是在三方平等自愿、协商一致的基础上签订的，且内容合法合规，那么该补充协议整体就是有效的，其中约定的违约金条款也相应有效。
违约金条款本身合法：
- 违约金条款需符合法律法规的规定。一般来说，违约金的数额应当合理，不能过高或过低。如果违约金过高，违约方可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少；如果违约金过低，守约方也可以请求增加。
- 例如，在三方协议补充协议中约定的违约金数额，应当与可能因违约造成的损失相当，不能显失公平。如果约定的违约金远高于实际损失，违约方在承担违约责任时，有权要求调整。
违约金无效的情形
协议整体无效导致违约金无效：
- 如果三方协议及其补充协议因存在欺诈、胁迫、恶意串通损害国家、集体或第三人利益、以合法形式掩盖非法目的等情形而无效，那么其中约定的违约金条款也自然无效。
- 例如，用人单位与毕业生、学校恶意串通，通过补充协议约定高额违约金来限制毕业生的就业选择，损害毕业生的合法权益，这种补充协议及其违约金条款就是无效的。
违约金条款违反法律法规强制性规定：
- 如果违约金条款本身违反了法律法规的强制性规定，如约定了违反就业政策、劳动法律法规等强制性规定的违约金内容，那么该违约金条款也是无效的。
- 例如，补充协议中约定毕业生在毕业后必须在该用人单位工作满一定年限，否则需支付高额违约金，这种约定可能违反了劳动法律法规中关于劳动者自由择业权的规定，因此违约金条款无效。
法律建议
在签订三方协议补充协议时：
- 三方应仔细审查协议内容，确保协议整体有效且违约金条款合法合理。可以咨询专业律师或相关部门，对协议条款进行法律审查，以避免潜在的法律风险。
- 例如，在约定违约金数额时，可以参考类似案例或行业标准，确保违约金数额与可能因违约造成的损失相当。
在发生违约情况时：
- 如果一方违约，守约方可以依据补充协议中的违约金条款要求违约方承担违约责任。但如果违约金条款无效或违约金数额不合理，守约方也可以要求违约方承担实际损失赔偿责任。
- 例如，如果毕业生违约导致用人单位产生招聘成本、岗位空缺等损失，用人单位可以要求毕业生赔偿这些实际损失，即使补充协议中的违约金条款无效。
在争议解决时：
- 如果三方因违约金问题发生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决争议过程中，应提供充分证据来证明自己的主张，如协议文本、违约事实、损失情况等。
- 例如，如果用人单位主张毕业生违约并要求支付违约金，用人单位需要提供补充协议文本、毕业生违约的证据以及因违约造成的损失情况等证据。
如果你在三方协议补充协议违约金方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。