上市公司供应商违反保密制度，上市公司通常会根据保密协议的约定、违约情节严重程度以及实际损失情况，采取以下处理措施：

1. 依据保密协议追究违约责任
   若上市公司与供应商签订了书面保密协议，协议中一般会明确约定保密义务的范围、期限及违约责任。供应商违反保密制度时，上市公司可依据协议要求其承担违约责任，包括但不限于：

   • 赔偿损失：要求供应商赔偿因泄密导致的直接经济损失（如商业机会丧失、客户流失等）及合理维权费用（如律师费、公证费等）。
     
   • 支付违约金：若协议中约定了违约金条款，上市公司可直接要求供应商支付约定金额的违约金，无需证明实际损失（但违约金过高时，供应商可能请求法院调整）。
     
   • 继续履行或采取补救措施：要求供应商停止泄密行为、销毁涉密资料或采取其他补救措施，防止损失扩大。

2. 根据泄密情节严重程度采取进一步措施

   • 轻微违约：若泄密行为未造成实质性损失或影响较小，上市公司可能通过书面警告、要求整改或暂停合作等方式督促供应商改正。
     
   • 严重违约：若泄密行为导致上市公司重大损失（如核心技术泄露、商业秘密被公开等），上市公司可能：
     
     • 解除合同：依据《民法典》第五百六十三条，以“根本违约”为由单方解除与供应商的合作关系，并要求其承担违约责任。
       
     • 提起诉讼或仲裁：向法院起诉或依据仲裁协议申请仲裁，要求供应商赔偿全部损失（包括预期利益损失）。
       
     • 报案追究刑事责任：若泄密行为涉嫌侵犯商业秘密罪（如供应商将上市公司技术秘密出售给第三方），上市公司可向公安机关报案，由司法机关追究供应商刑事责任。

3. 结合行业监管要求处理
   若上市公司属于特定行业（如金融、医疗、军工等），其供应商可能需遵守更严格的保密监管规定（如《数据安全法》《个人信息保护法》等）。此时，上市公司除追究民事责任外，还需：

   • 向监管部门报告：如供应商泄密行为违反行业监管要求，上市公司可能需向主管部门（如证监会、工信部等）报告，并配合调查。
     
   • 承担连带责任风险：若上市公司未对供应商尽到合理管理义务（如未审核供应商保密资质、未监督保密措施落实等），可能因供应商泄密行为被监管部门处罚或承担连带赔偿责任。

建议：上市公司应事先通过保密协议明确供应商的保密义务及违约责任，并在合作过程中定期评估供应商的保密合规情况。若发现供应商泄密，需及时固定证据（如泄密文件、沟通记录等），并咨询专业律师制定维权策略，以最大限度维护自身权益。