针对违反国家秘密和公司商业秘密保护规定的处理，需根据具体情况从法律责任、公司内部处理及预防措施等多个角度进行综合考量。以下是对此问题的详细分析：
一、法律责任
刑事责任：
- 若违反国家秘密保护规定，情节严重的，可能构成《刑法》中的“非法获取国家秘密罪”、“非法持有国家秘密罪”或“泄露国家秘密罪”等，将面临有期徒刑、拘役或罚金等刑事处罚。
- 若违反公司商业秘密保护规定，且该行为同时触犯《刑法》中的“侵犯商业秘密罪”，则可能面临有期徒刑、拘役或罚金等刑事处罚。这通常要求行为人具有故意或重大过失，且给权利人造成重大损失。
民事责任：
- 违反公司商业秘密保护规定，给公司造成损失的，公司有权要求侵权人承担民事赔偿责任，包括赔偿因侵权行为导致的直接经济损失和间接经济损失。
- 在某些情况下，公司还可能要求侵权人承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉等民事责任。
行政责任：
- 对于违反国家秘密保护规定的行为，相关行政机关有权依法给予行政处罚，如警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿、吊销许可证等。
- 对于违反公司商业秘密保护规定但尚未构成犯罪的行为，公司内部或相关行业主管部门也可能根据规章制度给予行政处分或行业惩戒。
二、公司内部处理
调查与取证：
- 公司应立即成立专门小组，对涉嫌违反保密规定的行为进行调查，收集相关证据，包括书面材料、电子数据、证人证言等。
内部处理决定：
- 根据调查结果，公司应依据内部规章制度和保密协议，对涉事员工或外部人员作出相应的处理决定，如警告、罚款、解除劳动合同、追究法律责任等。
整改与预防：
- 公司应针对事件暴露出的问题，及时修订和完善保密制度，加强保密宣传教育，提高员工的保密意识。
- 同时，公司应加强对关键岗位和敏感信息的监控和管理，防止类似事件再次发生。
三、预防措施与建议
完善保密制度：
- 公司应制定完善的保密制度，明确保密范围、保密义务、保密措施及违约责任等内容。
- 保密制度应经民主程序制定并公示，确保员工知晓并遵守。
签订保密协议：
- 公司应与员工签订保密协议，明确双方在保密方面的权利和义务。
- 保密协议应具有可操作性，明确违约责任和赔偿标准。
加强保密教育：
- 公司应定期组织保密培训和教育活动，提高员工的保密意识和技能。
- 培训内容应包括保密法律法规、公司保密制度、保密案例分析等。
建立保密监督机制：
- 公司应建立保密监督机制，对关键岗位和敏感信息进行定期检查和评估。
- 对于发现的保密隐患和问题，应及时采取措施进行整改和纠正。
若您或您的公司遇到类似问题，或有任何关于公司法务、知识产权方面的疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议和解决方案。