针对违法转包且施工单位不配合的情况，可通过以下步骤进行查处：
- 明确违法转包的认定标准
根据《中华人民共和国建筑法》第二十八条及《建设工程质量管理条例》第二十五条，违法转包的核心特征包括：
- 施工单位将承包的全部工程转包给他人；
- 施工单位将工程肢解后以分包名义转包；
- 分包单位不具备相应资质或未取得发包人同意。
若存在上述情形，即可认定为违法转包，无论施工单位是否配合，均不影响违法性质的认定。
- 收集固定证据
施工单位不配合时，需通过间接证据形成完整证据链：
- 合同文件：核查总包合同是否禁止转包，分包合同是否未经发包人书面同意；
- 资金流向：通过银行流水、发票等证明工程款未进入总包单位账户，直接支付给第三方；
- 现场管理：证明总包单位未派驻管理人员、技术负责人，或实际施工人为第三方人员；
- 材料设备：总包单位未提供主要材料设备，或由第三方直接供应；
- 证人证言：收集项目经理、监理、实际施工人等人员的陈述。
提示：可通过公证、律师调查令等方式强化证据效力，必要时申请法院责令施工单位提交相关账目。
- 向行政主管部门举报
- 举报途径：向工程所在地县级以上住建部门提交书面举报材料，附证据清单；
- 处理流程：住建部门应自收到举报后60日内完成调查，作出《行政处罚决定书》；
- 处罚措施：对施工单位处工程合同价款0.5%-1%的罚款，责令停业整顿，降低资质等级，情节严重的吊销资质证书；对直接责任人员处单位罚款数额5%-10%的罚款。
依据：《建筑法》第六十七条、《建设工程质量管理条例》第六十二条。
- 通过司法途径解决
- 民事诉讼：发包人可依据《民法典》第七百九十一条、第八百零六条，主张转包合同无效，要求施工单位承担违约责任或赔偿损失；
- 刑事报案：若转包涉及行贿、受贿、串通投标等犯罪行为，可向公安机关经侦部门报案；
- 执行配合：在行政处罚或民事判决生效后，若施工单位仍不履行义务，可申请法院强制执行，包括查封账户、扣押财产等。
- 应对施工单位不配合的特殊策略
- 申请法院证据保全：对关键账目、施工记录等申请诉前或诉中证据保全；
- 利用第三方审计：委托会计师事务所对工程资金流向进行专项审计；
- 联合执法：协调税务、市场监管等部门同步调查施工单位的其他违法行为，形成压力。
行动建议：
- 立即整理现有证据，制作证据清单及说明；
- 向工程所在地住建部门提交书面举报材料，同步抄送上级主管部门；
- 同步准备民事诉讼材料，防止行政程序拖延导致损失扩大；
- 若涉及重大利益，可委托律师介入调查取证及法律程序推动。
如需进一步分析具体证据或制定查处方案，可直接向我咨询。