结论：行政协议发包施工时，行政机关是否承担行政赔偿责任，需根据具体情况判断，主要包括行政机关是否存在违法行为、该行为是否与损害结果存在因果关系等因素。以下从不同角度进行详细分析：
一、行政机关存在违法行为且该行为与损害结果存在因果关系
法律依据：
- 根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，行政机关及其工作人员在行使行政职权时，有侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。
- 在行政协议发包施工过程中，如果行政机关存在违法发包、监管不力等违法行为，且这些行为直接导致了施工方的损害，那么行政机关应当承担相应的行政赔偿责任。
案例分析：
- 假设某行政机关在发包施工项目时，未按照法定程序进行招标，而是直接指定了某施工单位，且该施工单位在施工过程中因管理不善导致安全事故发生，造成人员伤亡和财产损失。在此情况下，行政机关的违法发包行为与损害结果之间存在直接的因果关系，行政机关应当承担行政赔偿责任。
二、行政机关不存在违法行为或违法行为与损害结果无因果关系
法律依据：
- 如果行政机关在行政协议发包施工过程中，严格遵守了相关法律法规和程序规定，且其行为与施工方的损害结果之间不存在因果关系，那么行政机关不承担行政赔偿责任。
案例分析：
- 假设某行政机关在发包施工项目时，依法进行了招标，并选择了具有相应资质和经验的施工单位。在施工过程中，由于施工单位自身的管理不善或技术失误导致安全事故发生，造成人员伤亡和财产损失。在此情况下，行政机关的行为合法合规，且与损害结果之间不存在因果关系，因此行政机关不承担行政赔偿责任。
三、特殊情况下的责任划分
混合过错：
- 如果施工方的损害结果既与行政机关的违法行为有关，又与施工方自身的过错有关，那么应当根据双方的过错程度进行责任划分。行政机关只承担与其违法行为相应的赔偿责任。
第三方因素：
- 如果施工方的损害结果是由第三方因素（如自然灾害、第三方侵权等）导致的，且行政机关的行为与损害结果之间不存在因果关系，那么行政机关不承担行政赔偿责任。但行政机关有义务协助施工方进行救援和善后处理工作。
建议与提醒：
- 在行政协议发包施工过程中，行政机关应当严格遵守相关法律法规和程序规定，确保发包过程的合法性和合规性。
- 施工方也应当加强自身的安全管理和技术培训，提高施工质量和安全水平，减少安全事故的发生。
- 如果发生损害结果，双方应当及时协商解决赔偿问题。如果协商不成，可以通过法律途径解决争议。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。