协议离婚后双方又签订变更抚养权协议并已履行，该变更抚养权协议在符合一定条件下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议有效的条件
双方主体适格：
- 签订变更抚养权协议的双方必须为具有完全民事行为能力的抚养关系相关方，通常是孩子的父母。这是确保协议有效性的基本前提，因为只有具备完全民事行为能力的人才能对自己的行为负责，并理解协议的法律后果。
意思表示真实：
- 双方在签订协议时，必须出于自愿且无任何欺诈、胁迫等违背真实意愿的情形。这意味着协议必须是双方平等、自愿协商的结果，任何一方都不得利用自己的优势地位或对方的弱势地位来迫使对方签订不公平的协议。
协议内容合法且不损害孩子权益：
- 协议内容不得违反法律法规的强制性规定，如不得剥夺孩子的受教育权、健康权等基本权利。同时，协议应确保孩子的身心健康不受不利影响，维护其合法权益。例如，协议中不能约定将孩子交给有严重不良嗜好或无稳定生活来源的一方抚养。
形式合法（推荐书面形式）：
- 虽然法律未强制要求变更抚养权协议必须采用书面形式，但书面形式能更清晰地明确双方权利义务，便于日后执行和举证。因此，建议双方在签订协议时采用书面形式，并签字或盖章确认。
二、协议变更抚养权后的处理
备案与公证：
- 协议离婚后达成的变更子女抚养协议，虽然婚姻登记机关在离婚登记完成后不再受理变更离婚协议书内容的申请，但双方可以重新签订一份抚养权变更协议，并向办理离婚登记机关或原审法院备案，以增强协议的法律效力。此外，在某些特定情况下（如孩子迁移户口、办理入学手续等），双方最好到公证机关办理抚养权变更的公证，以提供更正式的文书证明。
法律效力的持续性：
- 即使签订了变更抚养权协议，如果之后情况发生变化（如一方抚养能力下降、孩子意愿改变等），一方仍可以向法院起诉要求再次变更抚养权。法院会根据实际情况和孩子的最佳利益来做出裁决。
三、实践建议
咨询专业意见：
- 在签订变更抚养权协议前，建议双方咨询专业律师或相关法律机构，确保协议内容的合法性和有效性。律师可以根据双方的具体情况和法律法规的规定，为双方提供专业的法律建议和指导。
详细约定协议内容：
- 协议内容应尽可能详细、明确，包括但不限于抚养权变更后的具体安排、探视权的行使方式、抚养费的支付方式及时间等。详细的协议可以减少因理解差异或执行不明确而产生的纠纷。
保留相关证据：
- 在协议履行过程中，双方应保留好相关证据，如支付抚养费的凭证、与孩子共同生活的照片或视频等。这些证据可以在未来发生纠纷时作为证明自己履行了协议义务的依据。
总结来说，只要变更抚养权协议满足双方主体适格、意思表示真实、协议内容合法且不损害孩子权益以及形式合法等条件，并且双方已经实际履行了协议，那么该协议就是有效的。如果双方在协议履行过程中发生争议或需要进一步确认协议的法律效力，可以向法院提起诉讼或申请公证等法律程序来维护自己的合法权益。