关于申请支付令后对方提出异议，再起诉时申请支付令的费用能否抵扣的问题，结论如下：

1. 申请支付令的费用性质：

   • 申请支付令需要向法院缴纳一定的申请费，这是启动支付令程序所必需的费用。该费用属于诉讼费用的一部分，其性质是预交费用，用于覆盖法院处理该案件的部分成本。

2. 对方提出异议后的法律后果：

   • 当对方对支付令提出有效异议时，支付令将自行失效，案件将转入诉讼程序。这意味着，原本希望通过支付令快速解决纠纷的途径未能成功，需要转为通过诉讼来解决问题。

3. 申请支付令费用在诉讼中的处理：

   • 费用抵扣情况：在转入诉讼程序后，之前缴纳的申请支付令的费用通常不会直接抵扣诉讼费。诉讼费是根据诉讼标的额、案件性质等因素另行计算的。然而，如果诉讼中最终判决由对方承担诉讼费用（包括申请费、诉讼费等），那么你之前缴纳的申请支付令费用有可能在对方承担的诉讼费用中得到补偿。
   • 实际操作建议：在诉讼过程中，你可以向法院提出申请，要求将之前缴纳的申请支付令费用纳入诉讼费用范畴，并请求法院在判决时考虑由对方承担。法院会根据具体情况和法律规定来决定是否支持你的请求。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果支付令程序因对方提出异议而失效，但你在后续诉讼中胜诉，且法院判决对方承担诉讼费用，那么你之前缴纳的申请支付令费用有可能作为诉讼费用的一部分由对方承担。
   • 如果支付令程序因其他原因（如法院认为支付令申请不成立）而失效，且后续诉讼中你也未胜诉，那么申请支付令的费用通常需要由你自己承担。

5. 法律建议：

   • 在申请支付令前，应充分评估对方提出异议的可能性，以及支付令程序失败后转入诉讼的成本和风险。
   • 如果对方确实提出了有效异议，导致支付令失效，应及时与法院沟通，了解后续诉讼程序的相关事宜，并准备好相关证据和材料。
   • 在诉讼过程中，积极主张自己的权益，包括要求对方承担诉讼费用等合理诉求。

总结来说，申请支付令的费用在对方提出异议并转入诉讼程序后，通常不会直接抵扣诉讼费，但有可能在对方承担的诉讼费用中得到补偿。具体情况需要根据法院的判决和法律规定来确定。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。