在法院调取合同相关证据时，协助单位应当配合的法律依据主要来源于《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
协助单位的配合义务：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条：“当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。人民法院有权向有关单位和个人调查取证，有关单位和个人不得拒绝。” 这一条款明确规定了人民法院在调查取证时的权力，以及有关单位和个人（包括合同协助单位）的配合义务。
不配合的法律后果：
- 如果协助单位拒绝配合法院调取合同相关证据，可能会面临法律责任。虽然直接的法律责任条款可能并未明确提及“合同协助单位”，但根据民事诉讼法的整体精神和原则，拒绝配合法院调查取证的行为可能构成妨碍民事诉讼的行为。
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对妨碍民事诉讼的单位，人民法院可以对其主要负责人或者直接责任人员予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。因此，合同协助单位如果拒绝配合，其相关责任人员可能会面临上述法律后果。
实际操作中的建议：
- 对于合同协助单位而言，当收到法院的调取证据通知时，应当积极配合，及时提供相关证据。这不仅是法律规定的义务，也是维护自身合法权益、避免潜在法律风险的重要举措。
- 如果合同协助单位对法院的调取证据通知有异议或疑问，应当及时与法院沟通，说明情况，并寻求法律指导或帮助。切勿盲目拒绝或拖延提供证据，以免引发不必要的法律纠纷。
总结来说，法院调取合同相关证据时，协助单位有义务配合。如果拒绝配合，可能会面临法律责任。因此，建议合同协助单位在收到法院的调取证据通知时，积极配合并提供相关证据。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。