结论：公司核算错误，过了多年才发现给施工队多付款，是否还能要回取决于是否已过诉讼时效以及是否存在诉讼时效中断、中止等情形。若已过诉讼时效且无法证明存在中断、中止情形，则公司可能丧失胜诉权，难以要回多付款项；若未过诉讼时效或存在中断、中止情形，则公司仍有机会通过法律途径要回。
分析：
诉讼时效的基本规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
- 在公司多付款给施工队的情形中，诉讼时效期间应从公司知道或应当知道多付款项之日起计算，通常为三年。若公司多年后才发现，则需判断是否已超过该三年期限。
诉讼时效的中断与中止：
- 中断：根据《中华人民共和国民法典》第一百九十五条，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：（一）权利人向义务人提出履行请求；（二）义务人同意履行义务；（三）权利人提起诉讼或者申请仲裁；（四）与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。若公司在发现多付款项后，及时向施工队提出返还请求，或施工队同意返还，或公司提起诉讼或申请仲裁等，均可能导致诉讼时效中断，从而重新计算诉讼时效期间。
- 中止：根据《中华人民共和国民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止：（一）不可抗力；（二）无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；（三）继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；（四）权利人被义务人或者其他人控制；（五）其他导致权利人不能行使请求权的障碍。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。若公司在诉讼时效期间的最后六个月内，因上述原因无法行使请求权，则诉讼时效中止，待原因消除后继续计算剩余的诉讼时效期间。
超过诉讼时效的法律后果：
- 若公司未在诉讼时效期间内行使请求权，且无法证明存在诉讼时效中断、中止等情形，则公司可能丧失胜诉权。即，即使公司向法院提起诉讼，法院也可能因诉讼时效已过而驳回公司的诉讼请求。
建议：
- 及时采取行动：公司一旦发现多付款项，应立即与施工队沟通，要求返还，并保留好相关证据，如付款凭证、沟通记录等。
- 咨询专业律师：由于诉讼时效的计算和判断涉及复杂的法律问题，公司应咨询专业律师，以准确判断诉讼时效是否已过，以及是否存在中断、中止等情形。
- 考虑其他途径：若诉讼时效已过，公司仍可尝试通过协商、调解等其他途径解决纠纷，以尽可能挽回损失。
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