结论：上班迟到三分钟被店长说，这主要涉及到公司规章制度和员工行为管理的问题，并不直接构成法律纠纷。不过，我可以从法律角度为你分析这一情况，并提供一些建议。
分析角度一：公司规章制度
规章制度内容：
- 公司通常会有明确的规章制度，规定员工的上下班时间、迟到早退的处理方式等。如果迟到三分钟违反了公司的规章制度，店长有权根据规定进行提醒或处理。
规章制度合法性：
- 公司的规章制度必须合法合规，不能违反国家法律法规和劳动法的相关规定。例如，规章制度中不能设定不合理的罚款或处罚措施。
员工权益：
- 作为员工，你有权了解并遵守公司的规章制度。同时，如果规章制度存在不合理或违法之处，你也有权提出异议或寻求法律帮助。
分析角度二：员工行为管理
迟到行为：
- 迟到三分钟虽然时间不长，但确实违反了公司的上下班时间规定。作为员工，应该尽量遵守时间，保持良好的工作纪律。
店长管理方式：
- 店长作为管理者，有权对员工的行为进行管理和提醒。然而，管理方式应该合理、合法，不能侵犯员工的合法权益。例如，店长不能对员工进行辱骂或人身攻击。
沟通与解决：
- 如果你对店长的管理方式有异议，可以尝试与店长进行沟通，表达自己的想法和感受。如果沟通无果，你可以向公司的人力资源部门或上级领导反映情况，寻求更合理的解决方案。
建议：
遵守规章制度：
- 尽量遵守公司的规章制度，保持良好的工作纪律和态度。这有助于维护你的职业形象，也有助于你在公司中的长期发展。
合理沟通：
- 如果对店长的管理方式有异议或不满，可以尝试与店长进行合理沟通。在沟通过程中，保持冷静和理性，表达自己的想法和感受，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果公司的规章制度存在不合理或违法之处，或者店长的管理方式侵犯了你的合法权益，你可以寻求法律帮助。例如，你可以咨询专业律师（就是我啦，贺晶晶律师，擅长婚姻家庭、刑事辩护、经济纠纷、合同纠纷、交通事故、劳动仲裁领域，有问题可以直接向我咨询），了解自己的权益和可行的法律途径。
总之，上班迟到三分钟被店长说并不直接构成法律纠纷，但你可以从法律角度了解自己的权益和公司的规章制度。如果遇到不合理或违法的处理方式，你有权寻求法律帮助来维护自己的合法权益。