结论：员工离职时，公司通常可以要求其归还所持有的公司合同原件，但具体能否要求归还以及如何操作，需根据合同的性质、内容以及公司的相关规定来确定。以下从不同角度进行分析：
合同性质与内容：
- 如果合同是公司的重要商业秘密或敏感信息载体，如客户名单、技术合作协议等，这些合同涉及公司的核心利益，员工离职时，公司有权要求其归还，以防止信息泄露。
- 如果合同是员工个人与公司之间关于劳动关系的协议，如劳动合同，虽然员工离职时理论上应归还公司留存的原件（如果公司有留存的话），但实际操作中，由于劳动合同通常一式两份，员工和公司各执一份，因此员工离职时可能只需确认其手中的合同已妥善处理或不再需要即可，而无需特别归还给公司。不过，如果公司出于管理需要，要求员工归还其持有的劳动合同原件（假设员工确实持有），员工应当配合。
公司规定与流程：
- 公司可以在员工入职时或制定相关规章制度时，明确规定员工离职时需归还所持有的公司合同原件。这样的规定有助于公司在员工离职时顺利收回合同，避免潜在的法律风险。
- 如果公司没有明确规定，但在实际操作中希望员工归还合同，可以与员工进行协商，说明归还合同的重要性和必要性，争取员工的理解和配合。
法律后果与风险：
- 如果员工拒绝归还公司合同原件，且该合同涉及公司商业秘密或敏感信息，公司可能会面临信息泄露的风险，进而可能遭受经济损失或法律纠纷。在这种情况下，公司可以考虑通过法律途径追究员工的责任。
- 如果员工拒绝归还的是劳动合同等个人与公司之间的协议，且该行为未对公司造成实际损失或潜在风险，公司通常不会因此追究员工的法律责任。但为了避免不必要的麻烦和误解，建议公司还是与员工进行友好沟通，尽量达成共识。
建议：
- 公司可以在员工入职时或制定相关规章制度时，明确规定员工离职时需归还所持有的公司合同原件，并告知员工不归还可能面临的法律后果。
- 在员工离职时，公司可以主动与员工沟通，说明归还合同的重要性和必要性，争取员工的理解和配合。
- 如果员工拒绝归还且涉及公司重要利益，公司可以考虑通过法律途径维护自身权益。
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