结论概述：药店营业员使用个人二维码收款，若未经公司允许，可能涉及违反公司规章制度、职务侵占或挪用资金等法律问题，具体后果需根据实际情况判断。以下从不同角度详细分析：
一、违反公司规章制度的角度
公司有权处理：
- 药店作为用人单位，通常会制定一系列规章制度来规范员工的行为，包括收款方式。若营业员未经公司允许，擅自使用个人二维码收款，这明显违反了公司的规章制度。
- 公司有权根据内部规定对营业员进行相应的处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。
建议措施：
- 营业员应立即停止使用个人二维码收款，并主动向公司说明情况，寻求公司的谅解和处理。
- 公司应加强对员工的培训和教育，明确收款方式和流程，防止类似事件再次发生。
二、职务侵占或挪用资金的角度
法律定义：
- 职务侵占是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
- 挪用资金是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
可能后果：
- 若营业员使用个人二维码收款，并将款项据为己有或挪作他用，且数额较大，可能构成职务侵占或挪用资金罪。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占或挪用资金罪可能面临有期徒刑、拘役或罚金的处罚。
建议措施：
- 营业员应认识到问题的严重性，立即停止不当行为，并主动向公司退还所有非法所得。
- 公司应尽快收集证据，包括收款记录、监控录像等，以便在必要时向公安机关报案。
- 若涉及刑事犯罪，公司应积极配合公安机关的调查工作，维护自身的合法权益。
三、民事赔偿的角度
公司有权索赔：
- 若营业员的行为给公司造成了经济损失，公司有权要求营业员进行民事赔偿。
- 赔偿范围通常包括公司因营业员行为而遭受的直接经济损失和间接经济损失。
建议措施：
- 营业员应与公司协商赔偿事宜，尽量达成和解协议，以减轻自身的法律责任。
- 若协商无果，公司可以向法院提起民事诉讼，要求营业员承担赔偿责任。
四、预防与应对措施
加强内部管理：
- 公司应建立健全的财务管理制度，明确收款方式和流程，加强对员工的监督和管理。
- 定期对员工进行法律知识和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业素养。
及时发现问题并处理：
- 公司应加强对收款记录的审核和监控，及时发现异常情况并采取措施进行处理。
- 对于涉嫌违法犯罪的行为，公司应立即向公安机关报案，并积极配合调查工作。
总结与建议：药店营业员使用个人二维码收款的行为可能涉及多个法律问题，具体后果需根据实际情况判断。作为营业员，应严格遵守公司的规章制度和法律法规，避免不当行为的发生。作为公司，应加强内部管理，及时发现并处理问题，维护自身的合法权益。若您或您的公司遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。