结论：干了三个月休了年休假，一般情况下是有工资的，但具体还需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来确定。
分析说明：
法律法规依据：
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十一条：“计算未休年休假工资报酬的日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算。前款所称月工资是指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。在本用人单位工作时间不满12个月的，按实际月份计算月平均工资。” 这表明，即使员工在公司工作的时间不长，如三个月，其年休假期间的工资也应按照其实际月平均工资来计算。
劳动合同与公司规章制度：
- 劳动合同或公司规章制度中可能会明确规定年休假期间的工资支付方式。如果劳动合同或公司规章制度中有相关规定，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照这些规定来执行。
- 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定，或者规定不明确，那么应参照相关法律法规来确定年休假期间的工资支付方式。
实际情况考量：
- 在实际操作中，有些公司可能会根据员工的工作年限、职位等因素来确定年休假期间的工资支付方式。但无论如何，这些支付方式都应符合相关法律法规的规定。
- 如果员工在年休假期间提供了正常劳动（如因工作需要加班或值班），那么公司应按照劳动合同或公司规章制度的规定支付相应的加班工资或值班津贴。
特殊场景：
- 如果员工在试用期内，且试用期未满三个月就休了年休假，那么其年休假期间的工资也应按照其实际月平均工资来计算（如果试用期工资与转正后工资相同或已按转正后工资标准支付）。如果试用期工资低于转正后工资，且公司规章制度或劳动合同中未明确规定试用期年休假工资支付方式，那么可能需要根据实际情况和法律法规进行协商或仲裁。
建议与行动：
- 如果您对年休假期间的工资支付方式有疑问或不满，建议首先查阅您的劳动合同和公司规章制度，了解相关规定。
- 如果劳动合同和公司规章制度中没有明确规定或规定不明确，或者您认为公司的支付方式违反了相关法律法规的规定，那么您可以与公司进行协商或向劳动监察部门投诉。
- 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据（如劳动合同、工资单、年休假申请记录等），以便在需要时提供证明。
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