结论：网店销售假冒伪劣商品，在没有直接证据的情况下，是否可以立案，主要取决于是否能够通过其他方式证明销售金额或货值金额达到法定立案标准。若能达到，则可以立案；若不能，则难以直接立案。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与立案标准
根据《中华人民共和国刑法》第一百四十条及相关司法解释，生产者、销售者在产品中掺杂、掺假，以假充真，以次充好或者以不合格产品冒充合格产品，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
- 销售金额标准：伪劣产品销售金额五万元以上的。
- 货值金额标准：伪劣产品尚未销售，货值金额十五万元以上的。
- 特定情形：伪劣产品销售金额不满五万元，但将已销售金额乘以三倍后，与尚未销售的伪劣产品货值金额合计十五万元以上的。
二、证据与立案的关系
直接证据的重要性：
- 在刑事诉讼中，证据是认定犯罪事实的基础。对于网店销售假冒伪劣商品的行为，直接的交易记录、销售金额凭证、买家证言等是证明犯罪事实的关键证据。
缺乏直接证据时的处理：
- 若缺乏直接证据，但能够通过其他间接证据（如平台交易数据、物流信息、买家投诉记录等）综合证明销售金额或货值金额达到法定立案标准，仍然可以立案。
- 例如，通过平台提供的销售数据、买家付款记录等，可以计算出销售金额；通过未销售商品的库存记录、进货价格等，可以估算出货值金额。
立案的灵活性：
- 立案并不完全依赖于直接证据，而是看是否能够形成完整的证据链，证明犯罪事实的存在。因此，即使没有直接的交易凭证，只要其他证据能够相互印证，形成完整的证据体系，仍然可以立案。
三、实际案例与操作建议
实际案例：
- 在实际案例中，许多电商平台上的卖家因销售假冒注册商标的商品被追究刑事责任。这些案例中，往往是通过平台交易数据、买家证言、物流信息等多种证据综合证明销售金额或货值金额达到立案标准。
操作建议：
- 若您发现网店销售假冒伪劣商品，但缺乏直接证据，建议首先收集平台交易数据、买家投诉记录、物流信息等间接证据。
- 同时，可以向电商平台投诉，要求平台提供相关销售数据作为证据。
- 若证据充分，可以向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查。
四、电商平台责任与消费者维权
电商平台责任：
- 电商平台作为交易场所的提供者，负有对入驻商家进行资质审核和日常监管的义务。若平台明知或应知商家存在售假行为而未采取必要措施，可能需承担连带责任。
消费者维权：
- 消费者发现购买到假货时，可通过平台投诉渠道维权，平台有责任协助处理并上报监管部门。
- 同时，消费者也可以保留相关证据，向消费者协会或市场监管部门投诉，维护自己的合法权益。
总结与建议：网店销售假冒伪劣商品，在没有直接证据的情况下，是否可以立案主要取决于是否能够通过其他方式证明销售金额或货值金额达到法定立案标准。若您遇到此类问题，建议积极收集间接证据，并向电商平台或公安机关寻求帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。