结论：民航公司员工背景调查是否会被查出有违法记录，这主要取决于违法记录的性质、背景调查的深度和范围，以及相关法律法规和公司政策的规定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 违法记录的性质：

   • 如果违法记录属于刑事犯罪记录，如因犯罪被判处刑罚，那么这类记录在公安机关的系统中是有留存的，且通常会在背景调查中被查出。
   • 如果违法记录属于行政处罚记录，如因违反治安管理规定被罚款或拘留，这类记录虽然也会在公安机关留存，但并非所有背景调查都会深入到这一层面，具体取决于调查的严格程度和公司的政策。

2. 背景调查的深度和范围：

   • 民航公司作为特殊行业，对员工的背景调查通常较为严格，可能会涉及多个方面，包括但不限于教育背景、工作经历、犯罪记录等。
   • 如果背景调查包括了对犯罪记录的查询，且查询范围涵盖了公安机关的相关系统，那么有违法记录的员工很可能会被查出。

3. 相关法律法规和公司政策：

   • 根据相关法律法规，某些行业或岗位对员工的犯罪记录有明确的限制或禁止性规定。如果民航公司的员工岗位属于这类受限岗位，那么公司在进行背景调查时，很可能会严格查询员工的犯罪记录。
   • 此外，民航公司自身的政策也可能对员工的违法记录有具体规定。例如，公司可能规定有严重违法记录的员工不得入职或晋升至某些关键岗位。

法律建议：

• 对于有违法记录的员工，如果希望入职民航公司或晋升至关键岗位，建议提前了解公司的背景调查政策和相关法律法规，评估自己的违法记录是否可能成为入职或晋升的障碍。
• 如果违法记录属于轻微或已过追诉时效的，且公司政策未明确禁止，可以尝试向公司说明情况，争取理解。
• 如果违法记录确实成为入职或晋升的障碍，可以考虑通过法律途径寻求帮助，如申请撤销或封存违法记录（如果符合相关法律法规的规定）。

可能后果：

• 如果员工在背景调查中被查出有违法记录，且该记录违反了公司的政策或相关法律法规的规定，那么员工可能会面临被拒绝入职、解除劳动合同或无法晋升等后果。
• 在某些情况下，如果员工的违法记录涉及严重犯罪或对公司造成重大损失，还可能面临法律责任和赔偿。

总之，民航公司员工背景调查是否会被查出有违法记录，取决于多种因素。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。