针对您提出的“未通过代理开票怎么处理罚款”的问题，这通常涉及到税务违规行为，特别是虚开发票的情况。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：
一、理解虚开发票的后果
首先，需要明确的是，虚开发票是一种严重的税务违法行为。根据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》以及《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，虚开发票会导致纳税人未缴或者少缴税款，税务机关将对此进行严厉处罚。
二、罚款的处理原则
纳税人责任：如果是因为纳税人自身的原因（如未通过正规代理、自行虚开发票等）导致未缴或少缴税款，纳税人需要承担补缴税款、滞纳金以及罚款的责任。
代理责任：如果纳税人是通过代理进行开票，但代理存在违规行为（如协助虚开发票），则代理也需要承担相应的法律责任。根据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第九十八条，税务代理人违反税收法律、行政法规，造成纳税人未缴或者少缴税款的，除由纳税人缴纳或者补缴应纳税款、滞纳金外，对税务代理人还会处以罚款。
三、具体罚款处理流程
税务稽查：税务机关在发现虚开发票行为后，会进行税务稽查，收集相关证据，确认虚开发票的事实和金额。
补缴税款与滞纳金：纳税人需要按照税务机关的要求，补缴因虚开发票而未缴或少缴的税款，并支付相应的滞纳金。
罚款决定：税务机关会根据虚开发票的金额、情节严重程度等因素，对纳税人或代理作出罚款决定。罚款金额通常为未缴或少缴税款的50%以上3倍以下。
执行与监督：纳税人或代理需要在规定的时间内缴纳罚款。税务机关会对罚款的执行情况进行监督，确保罚款得到及时缴纳。
四、案例参考
以您提供的案例为例，宜兴市苏瑞代理记帐有限公司及其实际控制人钱文革因帮助所代理企业虚列成本、虚开发票，被税务机关处以罚款，并将其涉及虚开发票的相关线索移送公安机关进一步侦办。这一案例充分说明了虚开发票行为的严重性和税务机关对此的严厉打击态度。
五、建议与提醒
合规开票：纳税人应确保所有开票行为都符合税收法律法规的要求，避免虚开发票等违法行为。
选择正规代理：如果需要通过代理进行开票，应选择具有合法资质、信誉良好的代理机构，并签订正式的代理合同。
及时咨询与申报：对于税务问题，纳税人应及时咨询税务机关或专业税务人士的意见，并按照规定的时间进行税务申报和缴纳。
综上所述，未通过代理开票（特别是虚开发票）将面临严重的法律后果和罚款。纳税人应严格遵守税收法律法规，确保开票行为的合规性。如果遇到税务问题或疑虑，建议及时咨询税务机关或专业税务人士的意见。