工程移交协议可以盖合同章，但需根据具体情况判断其法律效力及适用性。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同章的法律效力
合同章是单位对外签订合同时使用的专用章，在合同上加盖合同章，通常表示单位对合同内容的认可和接受，具有法律效力。因此，从一般原则上讲，工程移交协议上加盖合同章是有效的，能够证明协议是双方真实意思的表示，对双方具有约束力。
二、需考虑的具体因素
公司章程或内部规定：
- 有些公司可能在其章程或内部规定中明确规定了哪些文件需要加盖公章，哪些文件可以加盖合同章。如果工程移交协议属于公司章程或内部规定中要求加盖公章的文件类型，那么仅加盖合同章可能不符合公司规定，进而影响协议的效力。
交易习惯或行业惯例：
- 在某些行业或交易中，可能存在特定的交易习惯或行业惯例，要求工程移交协议必须加盖公章。如果双方当事人都遵循这一习惯或惯例，那么仅加盖合同章可能不被视为符合行业要求，从而影响协议的认可度和执行。
协议内容的重要性：
- 工程移交协议通常涉及工程项目的交接、质量保证、后续维护等重要事项，对双方当事人的权益具有重大影响。如果协议内容特别重要或复杂，双方当事人可能更倾向于加盖公章以增强协议的正式性和权威性。
三、法律建议
查阅公司章程和内部规定：
- 在签订工程移交协议前，建议查阅公司章程和内部规定，了解公司对合同盖章的具体要求。如果公司规定必须加盖公章，那么应按照公司规定执行。
与对方协商：
- 如果公司章程或内部规定没有明确要求加盖公章，或者双方当事人对盖章方式存在争议，建议与对方进行协商，达成一致意见。在协商过程中，可以明确协议的法律效力、双方的权利义务等关键条款，以确保协议的顺利执行。
考虑加盖公章：
- 即使公司章程或内部规定没有明确要求加盖公章，但考虑到工程移交协议的重要性和复杂性，建议双方当事人在协议上加盖公章。这样可以增强协议的正式性和权威性，减少后续纠纷的可能性。
咨询专业律师：
- 如果对工程移交协议的盖章方式存在疑问或担忧，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助双方当事人制定合适的盖章方案。
最后需要强调的是，无论选择加盖合同章还是公章，都应确保盖章的真实性和合法性。避免使用伪造或变造的印章，以免引发法律纠纷和损失。如果你在工程移交协议盖章方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。