结论：公司若怀疑员工大量查阅有权限的机密文件且可能存在偷拍行为，通常会采取一系列措施来调查并保护自身权益，这些措施可能包括内部调查、与员工沟通、采取法律手段等。以下是对这些措施的详细分析：
一、内部调查
审计与监控：
- 公司可能会首先审查其内部的监控系统，查看是否有异常行为记录，如员工在机密文件区域长时间逗留、使用手机或其他设备等。
- 同时，公司会检查员工的电脑使用记录，包括文件访问记录、打印记录等，以确定员工是否确实查阅了大量机密文件。
专业调查：
- 如果公司怀疑存在偷拍行为，可能会聘请专业的调查机构或律师进行深入调查，收集证据以确认是否存在违法行为。
二、与员工沟通
询问与解释：
- 在调查过程中，公司可能会与员工进行沟通，询问其查阅机密文件的原因和目的，并要求员工解释其行为。
- 员工应如实回答公司的询问，并配合公司的调查工作。
警告与纪律处分：
- 如果公司确认员工存在不当行为，如未经授权查阅或泄露机密文件，公司可能会根据内部规章制度对员工进行警告、罚款、降职或解雇等纪律处分。
三、采取法律手段
报警与刑事指控：
- 如果公司怀疑员工存在偷拍等违法行为，且证据充分，公司可以向公安机关报案，要求追究员工的刑事责任。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，偷拍、窃取公司机密文件可能构成侵犯商业秘密罪或其他相关犯罪，员工可能面临刑事处罚。
民事诉讼：
- 公司还可以考虑向法院提起民事诉讼，要求员工赔偿因泄露机密文件给公司造成的损失。
- 在民事诉讼中，公司需要提供充分的证据证明员工存在侵权行为，并证明该行为与公司损失之间的因果关系。
四、预防措施与建议
加强内部管理：
- 公司应建立健全的内部管理制度，明确机密文件的访问权限和使用规定，防止员工未经授权查阅或泄露机密文件。
提高员工法律意识：
- 公司应定期对员工进行法律培训，提高员工的法律意识和保密意识，使员工了解泄露机密文件的法律后果。
完善监控与审计机制：
- 公司应完善监控和审计机制，及时发现和制止员工的违规行为，保护公司的合法权益。
后续行动建议：如果你作为员工面临此类情况，建议积极配合公司的调查工作，如实说明情况。如果公司采取的措施不当或侵犯了你的合法权益，你可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。同时，如果你作为公司方怀疑员工存在不当行为，也建议及时采取措施进行调查和处理，以保护公司的合法权益。