当在检察院阶段，律师提交的法律意见书未被采纳时，这确实是一个需要细致分析和妥善处理的问题。以下是我为您提供的详细解答，希望能帮助您更好地理解和应对这一情况。

一、理解法律意见书未被采纳的背景

首先，我们需要明确，检察院在审查案件时，会综合考虑各种证据和法律意见，以形成最终的审查结论。律师提交的法律意见书，虽然是重要的参考材料，但并不具有决定性的效力。检察院有权根据自身的判断和法律规定，决定是否采纳律师的意见。

二、分析法律意见书未被采纳的可能原因

1. 事实认定差异：检察院可能基于其掌握的证据和调查结果，对案件事实有不同的认定，从而认为律师的法律意见书中的事实部分与实际情况不符。

2. 法律适用分歧：在法律适用上，检察院和律师可能存在不同的理解和解释。检察院可能认为律师引用的法律条款或法律解释不适用于当前案件，或者认为律师对法律的理解有误。

3. 证据充分性不足：如果律师的法律意见书缺乏充分的证据支持，或者证据的证明力不足，检察院可能会认为该意见书缺乏说服力，从而不予采纳。

4. 程序性原因：有时候，法律意见书可能因为提交时间、格式、内容不符合检察院的要求等程序性原因而被拒绝采纳。

三、应对法律意见书未被采纳的措施

1. 与检察院沟通：

   • 律师可以主动与检察院的承办人员沟通，了解法律意见书未被采纳的具体原因。
   • 通过沟通，律师可以更好地理解检察院的立场和考虑因素，为后续的应对策略提供依据。

2. 审视并调整法律意见书：

   • 根据检察院的反馈，律师应审视法律意见书中的事实认定、法律适用和证据充分性等方面是否存在问题。
   • 如有必要，律师可以对法律意见书进行调整或补充，以增强其说服力和针对性。

3. 寻求上级检察机关的监督：

   • 如果律师认为检察院的处理存在明显错误或不当，且沟通无果，可以考虑向上级检察机关提出申诉或监督申请。
   • 上级检察机关会对案件进行审查，并可能采取进一步的监督措施。

4. 考虑其他法律救济途径：

   • 如果案件已经进入审查起诉阶段，且律师认为检察院的决定严重影响了当事人的合法权益，可以考虑通过其他法律途径进行救济，如申请取保候审、提出羁押必要性审查等。
   • 在案件进入审判阶段后，如果律师认为法院的判决存在错误，还可以依法提出上诉或申请再审。

四、尊重司法程序与独立判断

在处理法律意见书未被采纳的问题时，律师和当事人都应尊重司法程序和检察院的独立判断。司法程序是保障公正和效率的重要机制，而检察院的独立判断则是其履行法律监督职能的基础。因此，在寻求救济和应对策略时，应遵守法律规定和司法程序的要求，避免采取不当或违法的行为。

五、总结与建议

当律师提交的法律意见书在检察院阶段未被采纳时，律师应主动与检察院沟通、审视并调整法律意见书、寻求上级检察机关的监督，并考虑其他法律救济途径。同时，律师和当事人都应尊重司法程序和检察院的独立判断，以合法、合规的方式维护当事人的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。