结论：在建设工程借用资质的情况下，工程款的结算并非直接与被挂靠单位进行，而是涉及多方主体和复杂的法律关系，具体需根据实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同效力与结算基础：

   • 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条，无资质的实际施工人借用有资质企业名义签订的施工合同无效。这意味着，从法律层面讲，挂靠方（实际施工人）与被挂靠方（名义承包人）之间的合同关系是不被认可的。
   • 然而，尽管合同无效，但工程如果验收合格，实际施工人仍有权参照合同约定折价补偿。这里的“折价补偿”并非直接等同于工程款结算，而是基于工程实际完成情况和质量状况的一种补偿方式。

2. 工程款结算的实际操作：

   • 在实际操作中，工程款的结算往往涉及发包方、被挂靠方和挂靠方三方。发包方通常只与被挂靠方签订施工合同，并按照合同约定向被挂靠方支付工程款。
   • 被挂靠方在收到工程款后，可能会根据与挂靠方的内部协议或约定，将部分或全部工程款转付给挂靠方。但这一过程并非法律上的工程款结算，而是基于双方内部关系的资金流转。
   • 如果挂靠方与被挂靠方之间没有明确的内部协议或约定，或者协议存在争议，那么工程款的结算就可能变得复杂和棘手。

3. 法律责任与风险承担：

   • 借用资质行为不仅可能导致合同无效，还可能引发一系列法律责任和风险。例如，因借用资质导致合同无效并造成损失的，双方需根据过错程度承担相应赔偿责任。挂靠方与被挂靠方对施工质量问题给发包方造成的损失承担连带赔偿责任。
   • 此外，出借或转让资质证书的企业还将面临行政处罚，如责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等。这些处罚措施不仅会影响企业的声誉和信誉，还可能对企业的经营和发展造成严重影响。

4. 建议与措施：

   • 对于挂靠方而言，应尽量避免借用资质行为，通过合法途径获取施工资质和承接工程。如果确实需要借用资质，应与被挂靠方签订明确的内部协议或约定，并确保协议内容合法、有效且可执行。
   • 对于被挂靠方而言，应严格审查挂靠方的资质和信誉情况，避免与无资质或信誉不佳的挂靠方合作。同时，应加强对挂靠方的管理和监督，确保工程质量和安全符合相关规定和要求。
   • 在发生工程款结算争议时，各方应积极协商解决，并寻求法律途径维护自身合法权益。如果协商无果或争议无法解决，可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁机构进行仲裁。

总结：建设工程借用资质情况下的工程款结算并非直接与被挂靠单位进行，而是涉及多方主体和复杂的法律关系。各方应严格遵守相关法律法规和规定要求，通过合法途径获取资质和承接工程，并加强管理和监督以确保工程质量和安全。在发生争议时，应积极协商解决并寻求法律途径维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。