在证据不足不起诉的情况下，工资发放需分情况讨论，具体如下：

1. 劳动关系存续期间：

   • 若员工未被解除劳动关系（如未收到解除通知或未被开除），用人单位应继续按照劳动合同约定支付工资。证据不足不起诉仅表明司法机关未认定犯罪事实，不影响劳动关系的存续及工资支付义务。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应按约定支付劳动报酬，不得克扣或无故拖欠。

2. 劳动关系已解除但争议存在：

   • 若用人单位以“涉嫌犯罪”为由解除劳动合同，但司法机关因证据不足未起诉，员工可主张违法解除赔偿金（2N个月工资）及欠付工资。
   • 操作建议：员工应先申请劳动仲裁，要求确认解除违法并索赔，同时提供劳动合同、工资记录、解除通知等证据。

3. 特殊情形：被采取强制措施但未定罪：

   • 若员工曾被刑事拘留或逮捕，但最终未被起诉，根据《国家赔偿法》第十七条，员工可申请国家赔偿（仅限错误拘留/逮捕情形），但国家赔偿不包含工资损失。
   • 工资主张路径：员工仍需通过劳动仲裁向用人单位主张劳动关系存续期间的工资，与刑事程序无关。

关键提醒：

• 证据不足不起诉≠无罪，仅表明现有证据未达定罪标准，不影响民事劳动关系认定。
• 用人单位不得以“涉嫌犯罪”为由单方停发工资，否则构成违法。
• 建议员工优先与用人单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。

如有进一步细节（如解除通知内容、工资拖欠时长等），可补充说明后为您深入分析。