部门员工被评为不称职，部门负责人不一定会被扣钱，这主要取决于公司的具体规章制度以及劳动合同中的相关约定。以下是对此问题的详细分析：
一、公司规章制度的影响
规章制度内容：
- 如果公司的规章制度中明确规定了员工不称职时，部门负责人需要承担一定的经济责任（如扣减奖金、绩效等），那么部门负责人就有可能因为员工的不称职而被扣钱。
- 反之，如果规章制度中没有此类规定，或者规定不明确，那么部门负责人被扣钱的可能性就相对较小。
规章制度的合法性：
- 公司的规章制度必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示，才能对员工产生约束力。
- 如果规章制度违反了法律法规，或者未经民主程序制定、未公示，那么该规章制度中的相关条款可能无效，部门负责人也就无需因此承担经济责任。
二、劳动合同中的约定
劳动合同内容：
- 劳动合同是员工与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 如果劳动合同中明确约定了员工不称职时，部门负责人需要承担的经济责任，那么部门负责人就有可能因为员工的不称职而被扣钱。
劳动合同的变更与解除：
- 如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么部门负责人被扣钱的可能性就较小。
- 但需要注意的是，如果员工的不称职行为严重违反了公司的规章制度或劳动合同的约定，公司有权解除劳动合同，并可能根据规章制度或劳动合同的约定要求部门负责人承担一定的管理责任（但这通常不直接涉及扣钱）。
三、实际操作中的考虑因素
考核标准的合理性：
- 员工是否被评不称职，应基于合理、公正、透明的考核标准。
- 如果考核标准不合理或存在主观偏见，那么以此为依据对部门负责人进行扣钱可能缺乏合法性。
管理责任的界定：
- 部门负责人对员工的管理责任应明确界定，包括但不限于培训、指导、监督等。
- 如果部门负责人已经尽到了合理的管理责任，但员工仍然不称职，那么要求部门负责人承担经济责任可能不合理。
四、法律建议
审查公司规章制度：
- 建议部门负责人审查公司的规章制度，了解其中关于员工不称职时部门负责人经济责任的规定。
查阅劳动合同：
- 同时，部门负责人也应查阅自己的劳动合同，了解其中是否有相关约定。
与公司沟通：
- 如果对规章制度或劳动合同中的相关条款存在疑问或不满，部门负责人可以与公司进行沟通，寻求合理的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果认为公司的做法违反了法律法规或劳动合同的约定，部门负责人可以寻求法律帮助，维护自己的合法权益。
总结来说，部门员工被评为不称职时，部门负责人是否会被扣钱取决于公司的规章制度、劳动合同中的相关约定以及实际操作中的多种因素。如有任何疑问或不满，建议部门负责人及时与公司沟通或寻求法律帮助。