金融机构在协助办理查询、冻结、扣划时，确实有义务告知相关单位，但这一义务的具体履行需根据协助的具体事项及法律、行政法规的规定来确定。以下从不同角度进行详细分析：
一、查询义务告知
法律依据：
- 根据《金融机构协助查询、冻结、扣划工作管理规定》等相关法规，金融机构在协助有权机关进行查询时，通常需要按照有权机关的要求提供相关信息，但并未明确规定必须主动告知被查询单位。然而，在实际操作中，如果查询涉及被查询单位的合法权益，金融机构可能会根据内部规定或有权机关的要求，以适当方式告知被查询单位，但这不是一项法定的普遍义务。
实际操作：
- 在大多数情况下，查询是秘密进行的，以保护调查的顺利进行和被查询单位的商业秘密等合法权益。因此，金融机构通常不会主动告知被查询单位，除非有权机关明确要求或法律另有规定。
二、冻结义务告知
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》、《中华人民共和国民事诉讼法》以及《金融机构协助查询、冻结、扣划工作管理规定》等法律法规，金融机构在协助有权机关进行冻结时，有义务按照有权机关的要求立即冻结相关账户或资产，并在一定期限内通知被冻结单位或个人（具体期限可能因法律、行政法规或有权机关的要求而有所不同）。
实际操作：
- 金融机构在收到冻结通知后，会立即对相关账户或资产进行冻结，并尽快通过适当方式（如书面通知、电话通知等）告知被冻结单位或个人。这是为了保障被冻结单位或个人的知情权，以便其及时采取措施维护自身权益。
三、扣划义务告知
法律依据：
- 扣划通常是在冻结之后进行的，用于执行法院判决、裁定或其他有权机关的决定。根据相关法律法规，金融机构在协助有权机关进行扣划时，同样有义务按照有权机关的要求进行操作，并在扣划后告知被扣划单位或个人。
实际操作：
- 金融机构在收到扣划通知后，会立即对相关账户或资产进行扣划，并将扣划结果告知被扣划单位或个人。这是为了保障被扣划单位或个人的知情权，并确保其能够及时了解自身财产状况的变化。
四、特殊情况与注意事项
保密义务：
- 金融机构在协助办理查询、冻结、扣划时，必须严格遵守保密义务，不得泄露有权机关的查询、冻结、扣划信息以及被查询、冻结、扣划单位或个人的相关信息。
内部规定与操作流程：
- 不同金融机构可能有不同的内部规定和操作流程，用于规范协助办理查询、冻结、扣划的具体行为。因此，在实际操作中，金融机构可能会根据内部规定或有权机关的要求，对告知义务的具体履行方式进行调整。
法律后果：
- 如果金融机构未按照法律、行政法规或有权机关的要求履行告知义务，可能会面临法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。
总结与建议：
金融机构在协助办理查询、冻结、扣划时，确实有义务告知相关单位或个人，但具体履行方式需根据法律、行政法规及有权机关的要求来确定。如果您作为相关单位或个人，对金融机构的告知义务或协助办理查询、冻结、扣划的具体行为有疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。如有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的解答。