员工在上班途中发生交通事故，费用承担问题需根据具体情况来确定，主要分为以下两种情况：
存在第三方侵权且非员工主要责任时：
- 工伤认定与赔偿：根据《工伤保险条例》及相关司法解释，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害的，应当认定为工伤。此时，员工可以申请工伤认定，并享受工伤保险待遇，包括医疗费用、伤残补助金、护理费等，这些费用由工伤保险基金支付。若用人单位未依法为员工缴纳工伤保险，则相关费用由用人单位承担。
- 交通事故侵权赔偿：同时，员工也有权向事故责任方（如肇事司机、保险公司等）主张人身损害赔偿，包括医疗费、误工费、护理费等。在赔偿时，医疗费原则上不能重复获赔，若已从侵权方处获得全额医疗费赔偿，则工伤保险基金不再支付；若未足额获赔，差额部分可由工伤保险基金补足。其他费用如误工费、护理费等，员工可同时主张民事赔偿和工伤保险待遇。
不存在第三方侵权或员工负主要责任时：
- 若不存在第三方侵权：如员工自身操作失误导致单方事故，此时不存在交通事故侵权赔偿的问题。若员工已参保，则由工伤保险基金按标准支付医疗费、伤残补助金等；若未参保，则由用人单位按照工伤保险待遇项目和标准承担全部赔偿责任。
- 若存在第三方侵权但员工负主要责任：根据《工伤保险条例》及相关规定，员工在事故中负主要责任或全部责任的，不能认定为工伤，因此无法获得工伤保险赔偿。此时，员工只能依据交通事故责任认定，向自己或第三方（如存在其他责任方）主张赔偿，但赔偿范围和数额会受到较大限制。
特殊情况下的责任判定：
- 如果雇主在下班途中额外安排了工作任务给员工，并因此导致交通事故的发生，那么雇主可能需要承担相应责任。
- 如果雇主为员工提供了交通工具，并且该交通工具本身存在安全隐患或问题，导致交通事故的发生，那么雇主也可能需要承担一定责任。
建议与注意事项：
- 及时报警与工伤认定：发生交通事故后，员工应及时报警并寻求医疗救助，同时向所在单位了解工伤保险的相关情况，并根据实际情况准备工伤认定申请材料。工伤认定申请应由所在单位在事故伤害发生之日起30日内向统筹地区社会保险行政部门提出，若单位未按时申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日起1年内直接提出申请。
- 保留证据材料：员工需保留好交通事故责任认定书、通勤路线证明、医疗费用单据等证据材料，以便在申请工伤认定和主张赔偿时使用。
- 咨询专业意见：由于工伤认定和赔偿涉及复杂的法律程序和规定，建议员工在处理此类问题时咨询专业律师或法律援助机构的意见，以确保自身权益得到充分保障。
总之，员工在上班途中发生交通事故的费用承担问题需根据具体情况来确定。在处理此类问题时，员工应了解相关法律法规和政策规定，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。