劳动合同约定的工资和实际发放工资不一样时，劳动合同本身仍然是有效的，但具体法律后果需根据实际情况分析。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
一、劳动合同有效性的基本判断
合同效力不受工资差异影响：
- 劳动合同的效力主要取决于其是否满足法律规定的生效要件，如双方意思表示真实、内容合法、形式合规等。工资差异本身并不直接导致劳动合同无效。
工资差异需合法合理：
- 尽管劳动合同有效，但工资差异必须合法合理。如果用人单位故意在劳动合同中约定较低的工资标准，以逃避社保缴费、加班费等责任，而实际发放较高的工资，这种行为违反了法律法规的强制性规定，可能面临法律制裁，但并不影响劳动合同的整体效力。
二、工资差异的具体情形及法律分析
实际工资高于合同工资且双方无异议：
- 情形：实际发放的工资高于劳动合同约定，且这一变化在双方约定或承诺的范围内，双方对此均无异议。
- 法律分析：此情形下，劳动合同保持其效力。劳动者有权要求用人单位按照实际发放的工资标准支付工资，并在计算经济补偿金、赔偿金等时以实际工资为准。
实际工资低于合同工资：
- 情形：用人单位无故降低劳动者工资，实际发放的工资低于劳动合同约定的标准。
- 法律分析：这侵犯了劳动者的合法权益，属于不合法情形。劳动者有权要求用人单位补足差额，并可依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条解除劳动合同，要求经济补偿。经济补偿金按工作年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
工资结构复杂导致差异：
- 情形：劳动合同中约定的往往只是基本工资，而实际工资则可能包含基本工资、绩效工资、奖金、津贴、补贴等多个部分。
- 法律分析：只要总金额不低于合同约定且符合法律规定，此类差异通常是合理的。劳动者应了解自己的工资构成，并在签订劳动合同时与用人单位明确约定。
加班等额外报酬导致差异：
- 情形：员工加班时，用人单位需支付加班工资，这部分不属于劳动合同中的正常工资范畴，但会导致实际工资高于合同工资。
- 法律分析：这是合法的差异，劳动者有权要求用人单位支付加班工资。加班工资的计算标准应依据相关法律法规执行。
三、劳动者的权益保护及建议
保留证据：
- 劳动者应妥善保存工资条、银行发放记录、加班记录等相关证据，以便在发生劳动争议时证明实际工资情况。
协商解决：
- 首先尝试与用人单位协商，要求其按照劳动合同约定或实际发放的工资标准支付工资。协商过程中，劳动者应明确表达自己的诉求和依据。
投诉或仲裁：
- 若协商无果，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在仲裁或诉讼过程中，务必提供充分证据支持自己的主张。劳动者可依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不服的，可向人民法院提起诉讼。
了解法律法规：
- 劳动者应了解自己的权益和义务，以及相关的法律法规。这有助于劳动者在遇到问题时采取适当措施加以应对，并维护自己的合法权益。
总结来说，劳动合同约定的工资和实际发放工资不一样时，劳动合同本身仍然是有效的。但劳动者应关注工资差异的具体情形和法律后果，并采取相应的措施保护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。