结论：用人单位与员工解除劳动关系时，协商补偿的金额小于法定补偿金，该协议在一般情况下是无效的，但在特定条件下可能被认定为有效。以下是对此问题的详细分析：
一、法定补偿金标准
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
二、协商补偿金额小于法定补偿金的情况分析
一般情况下的无效性：
- 法定经济补偿标准是为了保障劳动者的合法权益，对用人单位的解雇行为进行规范。若协商的补偿金额低于法定标准，通常会被视为违反了法律的强制性规定，损害了劳动者的合法权益，因此该协议是无效的。
特定条件下的有效性：
- 在极少数情况下，如果劳动者充分知情并自愿接受低于法定标准的补偿，且该协议不违反法律的强制性规定和社会公共利益，那么该协议可能被认定为有效。但这种情况需要满足严格的条件，如劳动者完全知悉法定标准，出于真实意愿接受补偿，且协议不存在欺诈、胁迫等无效情形。
三、法律建议
对用人单位的建议：
- 用人单位在解除劳动合同时，应严格按照法律规定计算并支付经济补偿金，以避免因违法而引发的法律纠纷和额外赔偿。
- 在与劳动者协商解除劳动合同时，应确保劳动者充分了解自己的权益和法定补偿标准，避免因信息不对称或误导而导致协议无效。
对劳动者的建议：
- 劳动者在签署解除协议时，应充分了解自己的权益和法定补偿标准，避免因不了解或误解而遭受不必要的损失。
- 如果发现用人单位提出的补偿金额低于法定标准，劳动者有权拒绝签署协议，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
- 如果用人单位与劳动者签订的补偿协议被认定为无效，用人单位可能需要按照法定标准重新支付经济补偿金，并可能面临因违法解除劳动合同而引发的其他法律责任，如支付赔偿金等。
- 劳动者如果因用人单位违法解除劳动合同而遭受损失，有权通过法律途径要求用人单位进行赔偿。
总结：在大多数情况下，用人单位与员工解除劳动关系时协商的补偿金额不应低于法定补偿金。如果低于法定标准，该协议通常会被视为无效。因此，建议用人单位和劳动者在协商解除劳动合同时，务必遵守法律规定，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。