若甲方拆除有合同纠纷的建筑物，核心处理方式需结合纠纷性质、合同条款及法律程序综合判断，具体分以下情况处理：
若合同明确约定拆除权归属，且甲方行为符合约定条件
若合同中明确约定“在特定条件下（如乙方违约、合同终止等），甲方有权拆除建筑物”，且甲方已满足约定条件（如提前通知、补偿到位等），则其行为可能具有合法性。此时乙方需重点审查：
- 合同条款是否明确约定拆除权（如“甲方有权在乙方逾期付款超30日后拆除建筑物”）；
- 甲方是否履行了合同约定的前置程序（如书面通知、催告等）；
- 拆除行为是否超出合同约定范围（如仅约定拆除部分，但甲方拆除全部）。
若甲方行为完全符合合同约定，乙方难以主张违法；若存在程序或范围瑕疵，乙方可要求赔偿损失或恢复原状。
若合同未约定拆除权，或甲方行为违反合同约定
若合同未授权甲方拆除，或甲方在未满足条件时强行拆除（如未通知、未补偿），则可能构成违约或侵权：
- 违约角度：甲方违反合同义务（如未履行“妥善保管建筑物”的约定），乙方可依据《民法典》第577条要求甲方承担违约责任（如赔偿损失、继续履行等）；
- 侵权角度：若拆除导致乙方财产损失（如建筑材料、设备损坏），乙方可依据《民法典》第1165条主张侵权赔偿，需证明甲方存在过错（如故意或过失）及损失与拆除行为的因果关系。
此时乙方应优先固定证据（如拆除现场照片、视频、损失清单），并通过书面函件要求甲方停止侵害、赔偿损失。
若建筑物涉及第三方权益（如租赁、抵押）
若建筑物存在租赁关系（乙方为承租人）或抵押登记（甲方为抵押权人），甲方拆除可能需满足额外条件：
- 租赁关系：根据《民法典》第725条，租赁物在承租人占有期间所有权变动的，不影响租赁合同效力。若甲方作为所有权人拆除，需提前解除租赁合同（如乙方违约）或与承租人协商一致，否则可能面临承租人主张赔偿的风险；
- 抵押关系：若甲方为抵押权人，根据《民法典》第410条，抵押权人可与抵押人协议折价、拍卖或变卖抵押物，但直接拆除需抵押人同意或通过法院执行程序，否则可能构成侵权。
此时需结合具体法律关系分析甲方行为的合法性，乙方可要求第三方（如承租人、抵押权人）共同参与协商。
行动建议：
- 立即固定证据（如拆除前后的对比照片、视频、合同文本、沟通记录）；
- 书面函告甲方停止拆除并协商解决方案（如赔偿、恢复原状）；
- 若协商无果，可依据合同纠纷或侵权纠纷向法院起诉，申请行为保全（禁止继续拆除）或财产保全（冻结甲方资产）；
- 若涉及刑事犯罪（如故意毁坏财物），可向公安机关报案。
关键点：甲方拆除行为的合法性需结合合同约定、法律程序及第三方权益综合判断，乙方应优先通过协商或法律程序维护权益，避免自行阻挠拆除导致冲突升级。如有具体合同条款或拆除细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。