被告在起诉立案后认为不公平，可采取以下措施维护自身合法权益：
及时提出管辖权异议
若认为受理案件的法院无管辖权（如合同约定仲裁条款、专属管辖条款或地域管辖错误），应在提交答辩状期间（通常为收到起诉状副本后15日内）提出书面管辖权异议。法院审查后若裁定移送管辖，可避免案件在不公平的司法环境下审理。
充分行使答辩权与举证权
- 答辩阶段：需在法定期限内提交书面答辩状，针对原告的诉讼请求、事实与理由逐项反驳，尤其需指出原告主张中存在的法律适用错误或事实认定偏差。
- 举证阶段：围绕争议焦点收集证据（如合同、转账记录、沟通记录等），形成完整证据链。若原告存在伪造证据、虚假陈述等行为，可申请司法鉴定或要求法院依职权调查。
- 申请回避与监督程序
- 回避申请：若发现审判人员与原告存在利害关系（如亲属关系、经济往来等），可在案件审理前提出回避申请，并附相关证明材料。
- 程序监督：若法院存在超期立案、违规调解等程序违法行为，可向上一级法院投诉或申请复议，确保诉讼程序合法性。
- 反诉或抗辩策略
- 反诉：若被告对原告享有独立请求权（如原告违约在先），可在答辩期内提出反诉，要求法院合并审理，以抵消或吞并原告主张。
- 抗辩事由：依据《民法典》等法律，提出同时履行抗辩权、先履行抗辩权、不安抗辩权等法定抗辩事由，阻断原告请求权行使。
- 上诉与再审救济
- 上诉：若一审判决结果不公，可在判决书送达之日起15日内向上一级法院上诉，重点围绕事实认定错误、法律适用不当、程序违法等理由展开。
- 再审：若判决生效后发现新证据或原判决存在《民事诉讼法》第207条规定的情形（如证据伪造、审判人员贪污受贿等），可申请再审。
实务建议：
- 被告应自收到起诉状副本之日起立即启动应诉准备，避免因逾期答辩或举证丧失权利。
- 建议委托专业律师协助梳理案件事实、制定诉讼策略，尤其涉及复杂法律关系或大额标的案件。
- 诉讼过程中保持与法院的良性沟通，及时提交书面意见并参与庭审辩论，避免因消极应诉导致不利后果。
如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。