在立案后调查发现被告不对的情况下，通常的处理方式是申请变更被告或追加被告，或者考虑撤诉后重新起诉。以下是对这一问题的详细分析：
一、申请变更被告或追加被告
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，在诉讼过程中，如果发现原被告主体不适格，或者遗漏了必要的共同诉讼人，当事人可以向法院申请变更被告或追加被告。
操作流程：
- 提交申请：向法院提交书面申请，说明变更或追加被告的理由和事实依据。
- 法院审查：法院会对申请进行审查，如果认为申请有理有据，会裁定变更或追加被告。
- 重新送达：法院会向新的被告送达起诉状副本等诉讼材料，确保其了解诉讼情况并参与诉讼。
注意事项：
- 及时申请：一旦发现被告不对，应尽快向法院提出申请，以免延误诉讼进程。
- 提供充分证据：在申请中应提供充分的证据证明原被告主体不适格或遗漏了必要的共同诉讼人。
二、撤诉后重新起诉
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，原告有权在宣判前申请撤诉。撤诉后，原告可以重新起诉，但需注意诉讼时效等问题。
操作流程：
- 提交撤诉申请：向法院提交书面撤诉申请，说明撤诉的理由。
- 法院裁定：法院会对撤诉申请进行审查，如果认为符合法律规定，会裁定准予撤诉。
- 重新起诉：在撤诉后，原告可以重新准备诉讼材料，向法院提起新的诉讼。
注意事项：
- 诉讼时效：撤诉后重新起诉时，需注意诉讼时效是否已过。如果已过诉讼时效，原告将失去胜诉权。
- 诉讼成本：撤诉后重新起诉会增加诉讼成本，包括时间、金钱和精力等。因此，在决定撤诉前应充分考虑。
三、其他考虑因素
案件性质：
- 如果案件涉及复杂的法律关系或多个被告，变更或追加被告可能更为合适。
- 如果案件相对简单，且原告有充分的证据证明原被告主体不适格，撤诉后重新起诉可能更为直接。
法院意见：
- 在申请变更被告或追加被告时，应充分考虑法院的意见和态度。如果法院认为变更或追加被告不符合法律规定或不利于案件审理，可能会驳回申请。
被告态度：
- 如果原被告之间存在争议或矛盾，变更或追加被告可能会引发新的争议和矛盾。因此，在决定变更或追加被告前，应充分考虑被告的态度和反应。
建议：在立案后调查发现被告不对时，应及时与法院沟通并咨询专业律师的意见。律师可以根据案件的具体情况和法律规定，为你提供合适的建议和操作方案。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。