结论：针对已经收回海域使用权的海域交给国企管理后又被他人占用使用的情况，是否应当进行行政处罚，需根据具体情况判断，若占用行为违法且符合行政处罚条件，则应当进行行政处罚。以下从多个角度进行分析：
一、海域使用权的法律性质
海域使用权是一种用益物权，根据《中华人民共和国海域使用管理法》的相关规定，海域属于国家所有，单位和个人使用海域，必须依法取得海域使用权。当海域使用权被依法收回后，原使用权人即丧失对该海域的使用权，该海域的使用权应回归国家或由国家指定的管理单位（如国企）行使。
二、占用行为的合法性分析
无权占用：若他人未经合法程序取得海域使用权，擅自占用已收回并交给国企管理的海域，则构成无权占用。这种行为违反了海域使用管理的相关法律法规，侵犯了国家或国企的海域使用权。
有权占用但超出范围或期限：即使他人原本拥有海域使用权，但如果其占用行为超出了原批准的使用范围或期限，同样构成违法占用。
三、行政处罚的适用条件
根据《中华人民共和国海域使用管理法》及相关法律法规，对于违法占用海域的行为，海洋行政主管部门有权进行行政处罚。行政处罚的适用条件通常包括：
违法行为存在：即存在未经批准或超出批准范围、期限占用海域的行为。
违法行为具有社会危害性：违法占用海域可能损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。
依法应当给予行政处罚：根据法律法规的规定，该违法行为属于行政处罚的范畴。
四、行政处罚的具体措施
对于违法占用海域的行为，海洋行政主管部门可以采取以下行政处罚措施：
责令退还非法占用的海域：要求违法占用者立即停止占用行为，并退还非法占用的海域。
恢复海域原状：对于因违法占用行为造成海域损坏的，要求违法占用者恢复海域原状。
罚款：根据违法占用海域的面积、时间、情节等因素，对违法占用者处以罚款。
其他行政处罚：如没收违法所得、吊销海域使用权证书等，具体根据法律法规的规定和违法行为的情节严重程度决定。
五、特殊情况考虑
国企管理责任：如果国企在管理海域过程中存在疏忽或管理不善，导致海域被他人占用，国企可能需要承担一定的管理责任。但这并不影响对违法占用者的行政处罚。
历史遗留问题：对于某些历史遗留的海域占用问题，可能需要结合具体情况进行特殊处理。但这并不意味着可以免除违法占用者的法律责任。
建议：针对此类情况，建议国企及时向海洋行政主管部门报告，并配合相关部门进行调查处理。同时，国企也应加强海域管理，防止类似事件再次发生。如果您在处理此类事件中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。