关于“非法占用了水域及水利设施用地由谁处罚”的问题，我可以明确地告诉你，这类违法行为通常由县级以上人民政府自然资源主管部门负责处罚。

具体来说，根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，包括水域及水利设施用地，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并可能面临一系列处罚措施，如限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，以及并处罚款等。

这一规定体现了国家对土地资源的严格保护和管理，任何单位和个人都不得非法占用土地，包括水域及水利设施用地。如果发现有此类违法行为，应及时向当地自然资源主管部门举报，以便相关部门依法进行查处。

希望这个解答能够帮助你更好地了解相关法律规定，并提醒你遵守法律法规，保护土地资源。如果你还有其他法律问题，欢迎随时向我咨询。