结论：未经同意在他人屋顶做防水，是否可以起诉需视具体情况而定，但通常涉及侵权责任，受损方有权通过法律途径维护自身权益。以下从不同角度详细分析：

1. 屋顶权属与行为性质

• 若屋顶属于您个人所有（如独栋房屋）：他人未经同意施工，构成对物权的侵害。根据《民法典》第236条，您有权要求对方停止侵害、恢复原状或赔偿损失。若对方拒绝，可直接起诉其侵权。
• 若屋顶为共有部分（如公寓楼顶）：需区分施工是否经业主共同决定。根据《民法典》第278条，改建共有部分需经专有部分面积占比2/3以上的业主且人数占比2/3以上的业主参与表决，并经参与表决人数3/4以上同意。未经同意施工，您作为业主可起诉物业或施工方，要求撤销决定或赔偿。

2. 施工行为的合法性

• 无合法手续施工：若施工方未取得规划许可、施工许可等手续，可能违反《城乡规划法》或《建筑法》。您可向城管部门举报，要求责令停止施工；若因此造成损失（如屋顶漏水加重），可起诉施工方赔偿。
• 紧急避险情形：若施工是为防止屋顶坍塌等紧急危险，且事后未及时补办手续或协商补偿，您仍可起诉要求赔偿损失，但需结合具体证据判断施工方是否尽到合理义务。

3. 损失与因果关系

• 直接损失：如施工导致屋顶损坏、屋内物品受损，您需保留照片、维修发票等证据，证明损失金额与施工行为的因果关系。
• 间接损失：如因施工导致房屋无法正常使用产生的租金损失，需提供租赁合同、租金支付记录等证据。法院会根据实际损失和过错程度判决赔偿比例。

4. 诉讼流程建议

• 协商调解：先与施工方或物业沟通，要求停止侵害并赔偿；若协商无果，可向居委会、街道办申请调解。
• 起诉准备：收集证据（如产权证、施工照片、损失清单、沟通记录等），撰写起诉状，明确诉讼请求（如停止侵害、赔偿损失金额）。
• 法院审理：法院将审查权属、施工合法性、损失因果关系等，判决责任方承担相应责任。若对判决不服，可在15日内上诉。

5. 特殊情形提示

• 施工方为物业：若物业未经业主同意擅自施工，您可依据《物业管理条例》第35条，起诉物业未履行管理义务，要求赔偿。
• 施工方为邻居：若邻居因自家问题（如漏水）擅自施工，您可主张相邻权受侵害，要求停止侵害并赔偿；若施工为必要且已尽通知义务，可能减轻其责任。

行动建议：

1. 立即拍照、录像固定现场证据；
   
2. 联系施工方或物业，要求书面说明施工原因及依据；
   
3. 若协商无果，尽快咨询律师，评估诉讼可行性及赔偿金额；
   
4. 根据律师建议，决定是否起诉及诉讼策略。
   

如有进一步细节（如屋顶权属、施工原因等），可直接向我咨询，我会结合具体情况提供更精准的法律意见。