结论：在出交通事故后对方报警肇事逃逸，后来协商撤案的情况下，交警队是否还有权利扣车罚款，需分情况讨论。
分析：
关于扣车：
- 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，交警部门在交通事故发生后，有权为了调查事故原因、收集证据等目的，对涉案车辆进行扣留。这种扣留是行政强制措施的一种，旨在保障交通事故处理的顺利进行。
- 撤案后的处理：如果双方已经协商撤案，且交警部门已经完成了必要的调查工作，收集到了足够的证据，那么交警部门通常会解除对车辆的扣留，将车辆返还给车主。然而，如果交警部门认为仍有必要继续扣留车辆以进行进一步的调查或处理，那么他们仍然有权这样做。
关于罚款：
- 肇事逃逸的处罚：肇事逃逸是一种严重的交通违法行为，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，肇事逃逸者将面临罚款、拘留甚至吊销驾驶证等处罚。这些处罚是行政处罚，与是否撤案无关。
- 撤案对罚款的影响：撤案通常指的是双方当事人之间的民事纠纷得到解决，或者一方当事人放弃追究另一方的责任。然而，这并不影响交警部门对肇事逃逸行为的行政处罚。即使双方协商撤案，交警部门仍然有权对肇事逃逸者进行罚款等行政处罚。
建议：
- 配合交警部门调查：在交通事故发生后，无论是否涉及肇事逃逸，都应积极配合交警部门的调查工作，提供必要的证据和信息。
- 了解法律后果：在协商撤案前，应充分了解肇事逃逸等交通违法行为的法律后果，以免因不了解法律而承担不必要的责任。
- 咨询专业律师：如果对交警部门的处理决定有异议，或者对法律后果有疑问，可以咨询专业律师以获取更详细的法律建议和帮助。
特殊情况说明：
- 如果交警部门在扣留车辆或进行罚款时存在违法行为，如超期扣留、滥用职权等，车主或当事人有权向相关部门进行投诉或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
总之，在出交通事故后对方报警肇事逃逸，后来协商撤案的情况下，交警队是否还有权利扣车罚款取决于多种因素，包括是否完成调查、是否仍有必要扣留车辆以及肇事逃逸行为的性质等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。