结论：合同上仅加盖公司合同专用章，但货款未支付到公司账户，公司是否承担责任需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同效力与公司责任
合同有效，公司需承担责任：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条：“当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。” 若合同上加盖了公司合同专用章，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则合同有效。
- 分析：合同有效意味着公司需按照合同约定履行义务，包括支付货款（若公司为买方）或接收货款（若公司为卖方）。若货款未支付到公司账户，但合同相对方已履行了合同义务（如交付了货物），且公司未提出异议或已实际使用了货物，则公司仍需承担支付货款的责任。货款支付到哪个账户，并不影响合同本身的效力和公司的责任承担。
合同存在瑕疵，公司责任需具体分析：
- 特殊情况：若合同中明确约定了货款必须支付到公司指定账户，而实际支付到了其他账户，且公司未收到货款也未实际使用货物，则公司可能主张合同未履行或履行不符合约定，从而拒绝承担责任。但这种情况需要公司能够提供充分证据证明其未收到货款且未使用货物。
- 表见代理或职务行为：若加盖合同专用章的行为是由公司员工或代理人实施，且相对方有理由相信该员工或代理人有权代表公司签订合同并接收货款（如表见代理或职务行为），则公司仍需承担责任。此时，公司可向实际收款人追偿。
二、实际收款人的责任
若实际收款人为公司员工或代理人：
- 若实际收款人未经公司授权擅自收取货款，且未将货款交给公司，则实际收款人可能构成侵占或挪用资金等违法行为，需承担相应的法律责任。公司可向实际收款人追偿货款，并可追究其法律责任。
若实际收款人为第三方：
- 若实际收款人为与公司无关的第三方，且公司未授权其收取货款，则公司无需对该第三方的收款行为负责。此时，合同相对方应向该第三方主张权利，要求其返还货款或承担其他法律责任。
三、建议与风险提示
对于公司：
- 完善合同条款：在合同中明确约定货款支付方式、支付账户等关键信息，以避免纠纷发生。
- 加强内部管理：建立健全的合同管理制度和财务管理制度，确保合同签订和货款支付等环节的规范性和安全性。
- 及时主张权利：若发现货款未支付到公司账户或存在其他违约行为，应及时与合同相对方沟通协商，并保留相关证据以备维权之需。
对于合同相对方：
- 核实收款账户：在支付货款前，务必核实收款账户是否为公司指定账户，以避免货款被误付或挪用。
- 保留支付凭证：妥善保管货款支付凭证（如银行转账记录、收据等），以证明已履行合同义务。
- 及时沟通协商：若发现货款未支付到公司账户或存在其他问题，应及时与公司沟通协商解决方案。
总结：合同上仅加盖公司合同专用章但货款未支付到公司账户时，公司是否承担责任需根据合同效力、实际收款人情况以及双方的具体行为来综合判断。如有具体纠纷或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。