结论：合同加盖了个体工商户的章子但实质款项未转给公司，责任承担问题需根据具体情况分析，主要包括合同主体认定、款项支付约定、个体工商户与公司的关系等多个方面。

详细分析：

1. 合同主体认定：

   • 首先，需要明确合同上的主体是谁。如果合同上明确写的是个体工商户的名称，并且加盖了个体工商户的章子，那么从合同形式上看，个体工商户是合同的一方。
   • 但是，如果合同内容或实际履行过程中表明，该合同实际上是为公司利益而签订，且公司也参与了合同的履行（如接收货物、提供服务等），那么公司也可能被视为合同的实际主体。

2. 款项支付约定：

   • 合同中应明确约定款项的支付方式和支付对象。如果合同约定款项应支付给公司，但实际却支付给了个体工商户或未支付，这可能构成违约。
   • 在此情况下，如果个体工商户未按照合同约定将款项转交给公司，且公司对此并不知情或未同意，那么个体工商户可能需要承担违约责任，包括返还款项、赔偿损失等。

3. 个体工商户与公司的关系：

   • 如果个体工商户是公司的分支机构或代表处，且其签订合同的行为得到了公司的授权或认可，那么公司可能需要承担合同责任。
   • 如果个体工商户与公司是独立的法律主体，且个体工商户签订合同的行为未经公司授权或认可，那么公司通常不需要承担合同责任，除非存在表见代理等特殊情况。

4. 实际履行情况：

   • 合同的履行情况也是判断责任承担的重要因素。如果个体工商户已经按照合同约定履行了部分或全部义务，但公司未支付款项，那么公司可能需要承担支付款项的责任。
   • 反之，如果个体工商户未履行合同义务或履行不符合约定，且公司未支付款项是基于个体工商户的违约行为，那么个体工商户可能需要承担违约责任。

法律建议：

• 对于此类情况，建议首先审查合同内容，明确合同主体、款项支付约定等关键条款。
• 其次，收集并整理与合同履行相关的证据，如交货单、服务记录、付款凭证等。
• 如果存在争议或纠纷，建议及时咨询专业律师，通过法律途径解决争议。在诉讼或仲裁过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张。

可能后果：

• 如果个体工商户被认定为合同主体且未履行合同义务，可能需要承担违约责任，包括返还已收款项、赔偿损失等。
• 如果公司被认定为合同主体或需要承担连带责任，那么公司可能需要支付合同款项并承担相应的法律责任。

如有更多细节或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。