在以房抵债协议签订后，房屋直接过户给第三方的情况下，纳税义务主要由房屋的出让方（即原债务人或房屋所有权人）承担，但具体税种和纳税义务可能因交易性质和当地政策而有所不同。以下从不同角度进行详细分析：

一、纳税义务的基本原则

在房屋交易中，纳税义务通常遵循“谁受益，谁纳税”的原则。在以房抵债的情况下，虽然房屋是作为债务的清偿方式而转让，但本质上仍是一种房屋买卖行为。因此，出让方作为房屋的原所有权人，在转让房屋时通常需要承担相应的纳税义务。

二、具体税种及纳税义务

1. 增值税：

   • 如果房屋出让方为个人，且房屋持有时间超过一定年限（如2年），可能免征增值税。
   • 如果房屋出让方为企业或持有时间不足规定年限，则需要按照相关规定缴纳增值税。

2. 个人所得税：

   • 出让方作为房屋的原所有权人，在转让房屋时需要缴纳个人所得税。个人所得税的计算通常基于房屋转让所得（即转让价格减去房屋原值和相关税费后的余额）。
   • 如果出让方能够提供完整、准确的房屋原值凭证，可以按照实际差额计算个人所得税；否则，可能按照转让价格的一定比例（如1%-3%）核定征收。

3. 契税：

   • 契税通常由房屋的受让方（即第三方）承担。契税的税率因地区而异，一般按照房屋转让价格的一定比例（如1%-3%）征收。
   • 但需要注意的是，在以房抵债的情况下，如果受让方与出让方之间存在特定的债权债务关系，且当地政策允许，契税的缴纳可能有所特殊规定。

4. 其他税费：

   • 除了上述主要税种外，房屋交易还可能涉及城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等附加税费，以及印花税等。这些税费的缴纳义务和税率也因地区和政策而异。

三、特殊情况下的纳税义务

1. 如果以房抵债协议被认定为无效或可撤销：

   • 在这种情况下，房屋的转让可能被视为未发生，因此纳税义务也可能相应取消或调整。但具体处理方式需要根据协议无效或可撤销的原因以及当地税务部门的规定来确定。

2. 如果房屋出让方为非居民个人或企业：

   • 非居民个人或企业在转让中国境内的房屋时，可能需要按照相关规定缴纳预提所得税或其他税费。具体税率和缴纳方式需要根据相关税法和政策来确定。

四、建议与注意事项

1. 在签订以房抵债协议前：

   • 建议双方咨询当地税务部门或专业律师，了解具体的纳税义务和税费政策，以便在协议中明确约定税费承担方式。

2. 在房屋过户过程中：

   • 确保按照当地税务部门的要求缴纳相关税费，并保留好完税凭证等文件，以备后续需要。

3. 如果遇到纳税争议：

   • 可以及时向当地税务部门提出申诉或申请行政复议，必要时也可以寻求法律途径解决争议。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。