在城中村改造过程中，与村集体签订的协议如何确认被告，这主要取决于村集体在签订协议时的法律地位和所实施行为的性质。以下是一些详细的解答和建议：

一、村集体作为行政行为主体的情况

1. 法律、法规、规章授权：

   • 如果村集体是依据法律、法规、规章的授权，在履行行政管理职责的过程中与您签订了协议，那么根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>的解释》的相关规定，您可以将村集体作为被告提起行政诉讼。
   • 但需注意，审判实践中尚未发现法律、法规、规章明确授权村委会或村民小组行使行政权的情形，因此这种情况相对较少。

2. 行政机关委托：

   • 如果村集体是受行政机关的委托，与您签订城中村改造协议，那么根据法律规定，您应当以委托的行政机关为被告，而不是村集体。
   • 例如，在集体土地征收过程中，土地管理部门可能委托村委会与村民签订征收补偿协议，此时应以土地管理部门为被告。

二、村集体作为民事行为主体的情况

1. 村民自治权：

   • 村集体在行使村民自治权的过程中，与您签订的协议通常属于民事合同范畴。
   • 如果村集体在签订协议过程中存在违约、侵权等行为，您可以通过民事诉讼途径解决争议，此时村集体可以作为民事诉讼的被告。

2. 合同纠纷：

   • 根据上海市宝山区人民法院发布的《涉农村集体经济组织案件审判白皮书》，涉农村集体经济组织案件的类型高度集中于合同纠纷。
   • 如果您与村集体签订的城中村改造协议属于合同范畴，且因协议履行产生争议，您可以将村集体作为合同纠纷的被告提起民事诉讼。

三、确认被告的实践建议

1. 审查协议内容：

   • 仔细审查您与村集体签订的协议内容，明确协议的性质、目的和双方的权利义务。
   • 根据协议内容判断村集体在签订协议时的法律地位和所实施行为的性质。

2. 收集证据：

   • 收集与协议签订、履行相关的所有证据，包括协议文本、会议纪要、通知公告、付款凭证等。
   • 这些证据将有助于您确认被告身份并支持您的诉讼请求。

3. 咨询专业律师：

   • 如果您对确认被告身份存在疑问或不确定如何操作，建议咨询专业律师。
   • 律师可以根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供专业的法律意见和诉讼策略。

四、特殊情况处理

• 如果行政机关通过指令、命令、暗示等方式要求村集体实施具体的拆迁行为，且未采取书面委托等方式进行委托，此时应视为村集体作出的事实行为。但如果有初步证据证明属于行政机关的行为（如政府发布征拆公告、政府组织人员在现场等），则应视为行政机关作出的行为，并以行政机关为被告。

综上所述，确认城中村改造协议中的被告身份需要综合考虑多种因素，包括村集体的法律地位、所实施行为的性质以及协议内容等。如果您在确认被告身份过程中遇到困难或疑问，建议及时咨询专业律师以获取帮助。