在男方起诉离婚且有两个孩子的情况下，法院判决孩子抚养权归属的核心原则是“最有利于未成年子女成长”，具体判决需结合双方经济条件、抚养能力、子女年龄及意愿等因素综合判定。以下是具体分析：

1. 子女年龄是关键因素

   • 2周岁以下：原则上归母亲直接抚养，除非母亲有严重不利于子女成长的情形（如疾病、虐待等）。
     
   • 2-8周岁：法院会综合比较双方抚养条件（如经济能力、教育背景、陪伴时间等），优先判决给更有利于子女成长的一方。
     
   • 8周岁以上：法院会尊重子女本人意愿，但需结合其他条件综合判断（如子女表达意愿是否受一方诱导）。

2. 经济能力与抚养条件
   法院会重点审查双方收入、住房、教育资源等，例如：

   • 若一方长期全职照顾子女，另一方虽收入高但无时间陪伴，可能倾向于判决给直接抚养方；
     
   • 若双方条件相当，可能判决一人抚养一个子女（但非绝对，需结合子女年龄和情感依赖）。

3. 子女情感依赖与成长环境
   若子女长期随一方生活（如祖父母协助照顾），改变环境可能对其不利，法院可能维持现有抚养状态。例如：

   • 子女已习惯某方父母的照顾模式，或某方居住地附近有优质学校，均可能成为判决依据。

4. 特殊情形处理

   • 若一方存在家暴、赌博、吸毒等恶习，或严重疾病无法履行抚养义务，法院会优先判决给另一方；
     
   • 若双方均主张抚养权且条件相当，法院可能通过调解或判决轮流抚养，但需以子女利益为前提。

行动建议：

1. 收集证据证明自身抚养优势（如收入证明、陪伴时间记录、子女意愿声明等）；
   
2. 若对方存在不利情形（如家暴、不良嗜好），需留存报警记录、医疗证明等证据；
   
3. 提前与子女沟通（尤其8周岁以上），了解其真实意愿并做好心理疏导；
   
4. 协商优先：若双方能就抚养权达成一致，法院一般会尊重协议内容。
   

提示：抚养权判决后仍可变更。若后续出现重大变化（如一方经济恶化、子女意愿改变），可另行起诉要求变更抚养权。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。