核心结论：员工给公司造成1000万损失，公司可依据具体情况通过内部管理措施、劳动法律途径或民事法律途径来处理，具体如下：

1. 内部管理措施

   • 调查核实：公司首先应成立专门的调查小组，对损失发生的原因、过程进行全面、客观、公正的调查。收集相关证据，如工作记录、交易文件、监控录像等，以确定员工的行为与损失之间的因果关系以及员工是否存在故意或重大过失。例如，如果员工是因为违反公司的操作流程，私自更改交易数据导致公司遭受损失，那么通过调查收集到的操作流程文件、更改数据的记录等证据，就可以证明员工的过错。
   • 依据规章制度处理：如果公司有完善的内部规章制度，且该制度中明确规定了员工造成损失的处理方式和责任承担，公司可以按照制度规定对员工进行处理。比如制度规定员工因故意或重大过失造成公司重大损失的，公司可以解除劳动合同且不支付经济补偿，同时要求员工赔偿部分或全部损失。但需要注意的是，公司的规章制度必须经过民主程序制定，并且已经向员工公示或告知，否则可能无法作为处理的依据。

2. 劳动法律途径

   • 解除劳动合同：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定，劳动者严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的，用人单位可以解除劳动合同。在本案例中，1000万的损失通常可以认定为重大损害，但公司需要证明员工存在严重失职或营私舞弊的行为。例如，员工为了谋取私利，与外部人员勾结，泄露公司商业秘密导致公司遭受损失，公司掌握相关证据后可以依法解除与员工的劳动合同。
   • 要求员工赔偿损失：依据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果劳动合同中没有约定赔偿方式，公司也可以与员工协商赔偿事宜。协商不成的，公司可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。不过，在劳动法律框架下，员工承担赔偿责任的范围通常以其实际造成的损失为限，并且要考虑员工的过错程度、收入水平等因素。

3. 民事法律途径

   • 提起民事诉讼：如果劳动争议仲裁无法解决公司的损失赔偿问题，或者公司认为员工的行为不仅仅是劳动纠纷范畴，还可以向人民法院提起民事诉讼。在民事诉讼中，公司需要提供充分的证据证明员工的行为构成侵权或违约，以及损失的具体数额。例如，如果员工在履行职务过程中侵犯了公司的财产权益，公司可以以侵权为由起诉员工，要求其赔偿全部损失。法院会根据双方提供的证据和相关法律规定，判决员工是否承担赔偿责任以及赔偿的金额。

后续建议：公司在处理此类事件时，要注意保留好相关证据，确保处理程序合法合规。同时，为了避免类似事件的再次发生，公司应加强内部管理，完善规章制度，加强对员工的培训和教育，提高员工的风险意识和责任意识。如果你在处理过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。