员工因过失造成公司1000万损失，公司可依据法律规定和内部制度采取以下处理措施，具体需结合实际情况分情况处理：

1. 内部责任追究与纪律处分
   根据《劳动合同法》第三十九条，若员工存在“严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害”的情形，公司可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。但需注意：

   • “重大损害”的界定：需以公司规章制度或劳动合同中明确约定的损失标准为依据（如1000万是否达到制度中“重大损害”的阈值）。若未提前约定，公司需证明该损失与员工过失的直接因果关系，且损失金额显著超出一般过失范围。
     
   • 程序合法性：解除合同前需履行法定程序，如通知工会、听取员工申辩等，否则可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。
     
   • 替代方案：若过失情节较轻或损失部分可挽回，公司可选择警告、记过、降薪等纪律处分，或要求员工赔偿部分损失（需符合后续赔偿规则）。

2. 员工赔偿责任的承担
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，员工因过失造成损失的，公司可要求赔偿，但需满足以下条件：

   • 赔偿范围限制：每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。若1000万损失需分期赔偿，需与员工协商并签订书面协议。
     
   • 过错程度与赔偿比例：若员工仅为一般过失（如操作疏忽），法院可能酌情减轻赔偿责任；若为重大过失（如违反强制性操作规程），则需承担更高比例赔偿。
     
   • 公司管理责任：若公司未提供必要培训、设备或存在管理漏洞，可能被认定对损失负有部分责任，从而减少员工赔偿金额。

3. 保险与风险转移
   若公司投保了雇主责任险、财产保险等，可优先通过保险理赔覆盖部分损失。但需注意：

   • 保险条款可能对“过失”范围、免赔额等有约定，需审核保单是否覆盖该情形。
     
   • 保险理赔后，公司仍可向员工追偿超出保险范围的损失（需符合赔偿规则）。

4. 刑事风险提示（极端情况）
   若员工过失行为涉嫌犯罪（如重大责任事故罪），公司需及时向公安机关报案。但需注意：

   • 刑事立案标准较高，通常需造成严重后果（如人员伤亡）或重大经济损失（部分地区规定100万以上）。
     
   • 刑事责任与民事赔偿独立，员工被追究刑事责任不影响公司主张民事赔偿。

行动建议：

1. 立即固定证据（如操作记录、监控录像、损失计算依据等）；
   
2. 核查公司规章制度是否明确“重大损害”标准及赔偿流程；
   
3. 与员工协商赔偿方案，优先通过分期扣除工资或签订书面赔偿协议处理；
   
4. 若协商无果，可依据《劳动争议调解仲裁法》申请劳动仲裁，或直接向法院起诉主张赔偿。
   

如有进一步细节（如员工岗位、过失具体情形等），可向我补充说明，我会为您定制更精准的处理方案。