当员工因过失造成公司1000元损失时，处理此问题应遵循一系列清晰、详细且公平的步骤。以下是对此情况的处理建议：

首先，明确责任与过失性质。公司应详细调查损失发生的原因，确定是否确实由员工过失导致，并评估过失的严重程度。重大过失可能涉及违反公司规定或严重疏忽，而普通过失则可能只是轻微的疏忽或判断失误。

其次，依据公司规章制度与劳动合同进行处理。如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了员工因过失造成损失时的赔偿方式，应按照相关规定执行。如果规章制度或合同中没有明确规定，公司应与员工进行协商，确定一个合理的赔偿金额。在协商过程中，应充分考虑员工的过失程度、收入水平以及赔偿能力。

在协商赔偿金额时，可以遵循以下原则：

• 对于重大过失，员工可能需要承担较高的赔偿责任，甚至全额赔偿损失。
• 对于普通过失，可以根据实际情况和员工承担能力，按照一定比例（如30%-70%）分担损失。

同时，根据《工资支付暂行规定》，赔偿金额可以从员工的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

如果公司与员工无法就赔偿金额达成一致，可以寻求法律途径解决争议。员工如果认为公司要求的赔偿不合理，可以通过劳动争议仲裁等法律手段维护自己的权益。

最后，总结经验教训并改进管理。无论赔偿结果如何，公司都应从中吸取教训，加强员工培训和管理，防止类似事件再次发生。同时，也可以考虑对相关制度进行修订和完善，以更好地应对未来可能出现的类似情况。

综上所述，处理员工因过失造成1000元损失的问题时，公司应明确责任、依据规章制度、协商赔偿、遵循法律规定，并总结经验教训以改进管理。这样才能确保问题得到公平、合理的解决，同时维护公司的利益和员工的权益。