当员工原因造成损失时，处理这一问题需要综合考虑多个方面，包括员工的过错程度、公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、员工过错程度的认定
故意或重大过失：如果员工在履行职责过程中存在故意或重大过失，导致公司遭受经济损失，那么员工应当承担相应的赔偿责任。故意是指员工明知自己的行为会造成损失，却仍然希望或放任这种结果发生；重大过失则是指员工在履行职责时，未尽到合理的注意义务，导致损失的发生。
一般过失：如果员工在履行职责过程中存在一般过失，即尽到了一定的注意义务，但由于疏忽或不小心导致损失的发生，那么这种损失通常被视为公司经营风险的一部分，员工一般不承担赔偿责任。
二、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：公司应制定完善的规章制度，明确员工在履行职责过程中的行为规范和责任承担方式。这些规章制度应经过职工代表大会审议，并确保员工知晓并遵守。
劳动合同约定：在劳动合同中，公司可以与员工约定因员工原因造成损失时的赔偿责任承担方式。这种约定应明确、具体，并符合相关法律法规的规定。
三、相关法律法规的规定
《工资支付暂行规定》第十六条：该条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
其他相关法律法规：在处理员工原因造成损失的问题时，还应考虑其他相关法律法规的规定，如《劳动法》、《劳动合同法》等，以确保处理方式的合法性和合理性。
四、处理流程与建议
调查核实：公司应首先调查核实损失的发生原因、员工的过错程度以及损失的具体数额。
沟通协商：在调查核实的基础上，公司可以与员工进行沟通协商，就赔偿事宜达成一致意见。如果员工愿意承担赔偿责任，双方可以签订赔偿协议。
劳动仲裁或诉讼：如果双方无法就赔偿事宜达成一致意见，公司可以向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，公司应提供充分的证据证明员工的过错程度以及损失的具体数额。
综合考虑因素：在确定具体赔偿金额时，应综合考虑员工的过错程度、公司的实际损失数额、员工的入职年限及收入水平、公司的规章制度和工作机制是否健全以及公司对员工的监督管理是否到位等因素。
保障员工权益：在处理员工原因造成损失的问题时，公司也应保障员工的合法权益，如确保赔偿金额的合理性、避免过度扣除员工工资等。
五、案例参考
在实际操作中，可以参考类似案例的判决结果来指导处理方式。例如，在长沙市望城区人民法院审结的劳动争议案件中，法院综合考虑了员工的过错程度、公司的实际损失以及公司的规章制度等因素，最终酌定判定员工赔偿公司部分损失。这一案例为处理类似问题提供了有益的参考。
综上所述，当员工原因造成损失时，公司应综合考虑员工的过错程度、公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定来处理这一问题。通过沟通协商、劳动仲裁或诉讼等方式来达成赔偿协议或确定赔偿责任承担方式，并确保处理方式的合法性和合理性。