针对您提出的“地铁员工逃票公司罚款两千怎么处理的”这一问题，我们可以从法律定性、公司内部处理流程以及可能的法律后果等多个方面进行详细阐述。
一、法律定性
首先，需要明确的是，地铁逃票行为，无论是员工还是普通乘客，都是违法的。它违反了《城市轨道交通运营管理规定》及《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，破坏了公共交通的票务管理秩序，损害了运营企业的经济利益，同时也影响了其他乘客的公平乘车权益。
二、公司内部处理流程
对于地铁员工逃票并被公司罚款两千的情况，公司通常会按照以下流程进行处理：
调查核实：公司会首先对逃票行为进行调查核实，确认逃票事实、逃票金额以及逃票员工的具体信息。
内部处罚：根据公司的规章制度，对逃票员工进行内部处罚。这通常包括罚款、警告、记过等措施。您提到的罚款两千，就是公司内部处罚的一种具体形式。
教育整改：除了处罚外，公司还会对逃票员工进行教育整改，强调遵守公司规章制度和法律法规的重要性，防止类似行为再次发生。
记录存档：公司会将逃票行为及处理结果记录在员工的个人档案中，作为后续考核、晋升等工作的参考依据。
三、可能的法律后果
虽然公司已经对逃票员工进行了内部处罚，但逃票行为本身还可能面临更严重的法律后果：
补齐票款及加收费用：根据《城市轨道交通运营管理规定》，逃票员工需要补交所逃票款，并可能面临额外加收费用的经济惩罚。
警告、罚款或拘留：如果逃票行为情节较重，如多次逃票、拒不配合检查等，地铁运营方或执法机关可能会给予口头警告、罚款，甚至五日以上十日以下的拘留，并可并处五百元以下的罚款。
移送公安机关处理：在极端情况下，如逃票金额达到盗窃罪立案标准，或逃票过程中涉及其他违法犯罪行为（如暴力抗法、损坏公共设施等），地铁运营方将移送公安机关处理，当事人可能面临刑事处罚。
四、建议
对于地铁员工而言，应该严格遵守公司规章制度和法律法规，自觉购票乘车，共同维护地铁运营秩序和公共利益。如果因个人疏忽或故意逃票而被公司处罚或面临法律后果，应积极配合处理，并从中吸取教训，防止类似行为再次发生。
综上所述，地铁员工逃票并被公司罚款两千是公司内部处罚的一种形式，但逃票行为本身还可能面临更严重的法律后果。因此，建议广大地铁员工自觉遵守乘车规定，共同维护良好的地铁运营环境。