结论：刑事案件立案后双方自行达成和解协议，受害人从此不再配合公安机关，这一行为本身并不直接构成违法，但可能影响案件的进展和最终处理结果，且在某些特定情况下可能涉及违法。

详细分析：

1. 和解协议的法律效力：

   • 在刑事案件中，双方自行达成和解协议是一种常见的解决方式，尤其是在一些轻微刑事案件或民事赔偿部分。和解协议本身并不具有直接的法律强制力，即它不能直接导致案件的撤销或犯罪嫌疑人的无罪释放。但它可以作为量刑时的参考因素，影响法院对犯罪嫌疑人的判决。

2. 受害人不配合公安机关的法律后果：

   • 案件进展受阻：受害人不配合公安机关的调查工作，可能导致公安机关无法全面收集证据，进而影响案件的进展和最终处理结果。例如，在需要受害人陈述或提供证据的情况下，受害人的不配合可能导致关键证据的缺失。
   • 可能涉及违法：虽然和解协议本身不违法，但受害人在达成和解后，如果故意隐瞒、伪造证据或阻碍公安机关调查，则可能构成违法。例如，如果受害人为了保护犯罪嫌疑人而故意提供虚假陈述，就可能涉嫌包庇罪。

3. 公安机关的应对措施：

   • 公安机关在办理刑事案件时，有权依法采取各种调查措施，包括询问受害人、收集证据等。如果受害人不配合，公安机关可以依法采取强制措施，如传唤、拘传等，以确保调查工作的顺利进行。
   • 同时，公安机关也会考虑和解协议的情况，但不会完全受和解协议的约束。公安机关会根据案件的具体情况和法律规定，独立、客观地作出处理决定。

4. 建议：

   • 对于受害人而言，虽然达成和解协议是一种解决纠纷的方式，但不应因此忽视或阻碍公安机关的调查工作。受害人应积极配合公安机关的调查，提供真实、准确的陈述和证据，以确保案件的公正处理。
   • 对于犯罪嫌疑人而言，和解协议虽然可能对其量刑产生积极影响，但不应将其视为逃避法律制裁的“护身符”。犯罪嫌疑人应认罪悔罪，积极配合公安机关的调查工作，争取从宽处理。

后续行动建议：

• 如果您是受害人或犯罪嫌疑人，且对和解协议或案件处理有疑问或担忧，建议直接向我咨询。我可以根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。
• 同时，无论您是受害人还是犯罪嫌疑人，都应积极配合公安机关的调查工作，遵守法律法规，以确保案件的公正、顺利处理。