结论：档案为干部身份但一直在非管理岗位工作到46岁辞职后，能否在50岁办理退休，需根据具体情况判断，主要取决于是否满足退休条件以及相关政策规定。以下从不同角度进行分析：
一、退休条件的一般规定
根据《国务院关于工人退休、退职的暂行办法》等相关规定，退休通常需要满足一定的年龄条件和缴费年限条件。对于女性职工而言，一般情况下，女工人的退休年龄为50周岁，女干部的退休年龄为55周岁。然而，这一规定并非绝对，实际退休年龄可能因地区、行业、单位性质以及个人情况等因素而有所不同。
二、干部身份与非管理岗位的影响
干部身份：档案中记录为干部身份，通常意味着在职业生涯中可能享受过某些与干部相关的待遇或政策。然而，干部身份并不直接决定退休年龄，而是需要结合其他因素综合判断。
非管理岗位：虽然一直在非管理岗位工作，但这并不改变档案中的干部身份。关键在于，非管理岗位的工作经历是否影响了退休年龄的确定。在某些情况下，如果单位或行业有特殊规定，非管理岗位的工作经历可能不影响退休年龄的确定；但在其他情况下，可能需要考虑工作性质、岗位类别等因素。
三、辞职对退休的影响
辞职本身通常不会直接影响退休年龄的确定，但可能影响退休金的计算或领取。辞职后，如果个人继续缴纳社会保险费，那么缴费年限将继续累积，对退休金有积极影响。然而，如果辞职后未继续缴费，则可能影响退休金的领取金额或条件。
四、具体政策与地区差异
具体政策：不同地区、不同行业、不同单位可能制定有不同的退休政策。因此，能否在50岁办理退休，还需参考当地的具体政策规定。
地区差异：由于地区经济发展水平、社会保障体系完善程度等因素的差异，不同地区对退休年龄、退休金计算等方面的规定可能有所不同。
五、建议与操作
咨询当地社保部门：为了准确了解能否在50岁办理退休，建议咨询当地社保部门或相关机构，了解具体的退休政策、条件以及办理流程。
准备相关材料：在咨询时，准备好个人档案、工作经历证明、社会保险缴费记录等相关材料，以便社保部门或相关机构进行核实和判断。
关注政策变化：由于政策可能随时间发生变化，建议持续关注当地社保部门或相关机构发布的最新政策信息，以便及时了解并适应政策变化。
总结：档案为干部身份但一直在非管理岗位工作到46岁辞职后，能否在50岁办理退休需根据具体情况判断。建议咨询当地社保部门或相关机构以获取准确信息，并准备好相关材料以便办理退休手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。